Aufgaben

Hier findet ihr die Programmieraufgaben und evtl. zugehörige Materialien.
Um den zip-file mit den Netzwerken zu downloaden, klickt hier.

Hier ein paar Beispielnetzwerke. Die EFMs findet ihr auch im struct.
Hier findet ihr das Beispielnetzwerk Illusnet und die zugehörige Grafik.
Hier findet ihr das Beispielnetzwerk metab_net und die zugehörige Grafik.
Hier findet ihr das Beispielnetzwerk fully_par und die zugehörige Grafik.

Aufgabe 1: Flux Balance Analysis

Deadline: Sonntag, 15.03.2015

Aufgabe 1a: Blocked-modus beschleunigen

Deadline: Mittwoch, 25.03.2015

Aufgabe 2: Flux Coupling Analysis

Deadline: Mittwoch, 25.03.2015

Aufgabe 3: Flux Variability Analysis

Deadline: Mittwoch, 25.03.2015

Aufgabe 4, Gruppe 1: Gemischt Ganzzahlige Optimierung (Mixed Integer Program)

Deadline: Dienstag, 31.03.2015

Aufgabe 4, Gruppe 2: Berechnung Elementarer Flussmoden mithilfe des Algorithmus von de Figueiredo

Deadline: Dienstag, 31.03.2015

Aufgabe 5, Gruppe 1: Berechnung Elementarer Flussmoden mithilfe des Algorithmus von de Figueiredo

Deadline: Mittwoch, 08.04.2015

Aufgabe 5, Gruppe 2: Beschleunigung der FCA aus Aufgabe 3

Deadline: Mittwoch, 08.04.2015

Aufgabe 5, Gruppe 3: Erstellung von Hassediagrammen

Deadline: Mittwoch, 08.04.2015

Aufgabe 5, Gruppe 4: Einlesen eines SBML Files

Deadline: Mittwoch, 08.04.2015

Aufgabe 6, Gruppe 1: Beschleunigung der Berechnung der Elementaren Flussmoden

Deadline: Mittwoch, 15.04.2015

Aufgabe 6, Gruppe 2: Berechnung von essenziellen Reaktionen

Deadline: Mittwoch, 15.04.2015

Aufgabe 6, Gruppe 3: Toolbox zur Untersuchung von metabolischen Netzwerken

Deadline: Mittwoch, 15.04.2015

Aufgabe 6, Gruppe 4: Minimale Anzahl von Reaktionen, maximales Wachstum

Deadline: Mittwoch, 15.04.2015

Aufgabe 7: Kopplungen von Metaboliten

Deadline: Mittwoch, 22.04.2015

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