Welcome to the Seminar Wiki Projektmanagement im Softwarebereich: Metabolische Netzwerke SS 2015

News

Am Dienstag den 26.05.2015 findet um 10:15 in 017/A6 der Abschlussvortrag statt.

Bitte tragt euch in die Mailingliste ein: https://lists.fu-berlin.de/listinfo/softwareprojektmetabol15

Allgemeine Informationen

SWS/credit hrs: 4+1 , credits: 10 ECTS

Dozenten: Alexander Bockmayr, Annika Röhl

Sprache: Deutsch/Englisch

Termine

Wir treffen uns immer Dienstags um 10:15 in 017/A6 für 3-5 Stunden. Erster Termin ist der 10.03.2015.
Fragestunde ist immer Freitags um 10:15 in 017/A6. Erster Termin ist der 13.03.2015.

Inhalt

In der Systembiologie sind metabolische Netzwerke von großem Interesse, immerhin geben sie Aufschluss über die Stoffwechselvorgänge innerhalb einer Zelle.
Die Untersuchung solcher Netzwerke kann somit helfen, mögliches Verhalten einer Zelle zu verstehen oder auch zu (re-)konstruieren.
Metabolische Netzwerke werden im Allgemeinen mithilfe der stöchiometrischen Matrix dargestellt und im sogenannten Fließgleichgewicht betrachtet. Mittels verschiedener Methoden können Eigenschaften solcher Netzwerke untersucht werden. Als Grundlage dienen uns hierzu (ganzzahlige) lineare Programme.
Zunächst sollen ein paar grundlegende Tools implementiert werden. Diese sollen später zusammen mit schon vorhandenen Methoden zu einer Tool-Box vereinigt werden.
Außerdem werden Algorithmen zur Berechnung von elementaren Flussmoden (EFMs) implementiert.

Aufgaben

Projektgruppen

Gruppe 1 für den Vortrag über Ganzzahlige Programmierung:
Melanie Sarfert und Deyan Dzhurov

Gruppe 2 für den Vortrag über die Berechnung von EFMs mithilfe von Ganzzahliger Programmierung:
Kateryna Budzyak und Mathias Wajnberg

Quellen & Materialien

Folien zum 09.03.2015.

Folien zum 17.03.2015.

Folien zum 31.03.2015.

Folien zum 10.04.2015.

Paper zur Flux Balance Analysis (FBA).

Paper zur Flux Coupling Analysis (FCA).

Paper zur Flux Variability Analysis (FVA).

Paper zur Berechnung von EFMs mithilfe von MIPs.

Paper zur Beschleunigung der FCA.

Paper zur Berechnung von essentiellen Reaktionen.

Link zur SBML Homepage.

Link zu einem SBML Artikel.

Link zur BiGG Database.