Willkommen zum Wiki des Praxisseminars:
Rechnergestützte Systembiologie SS 2016

Aktuelles

Das Praxisseminar beginnt am 21.7. um 10:00! Vortragsfolien und Doku bitte bis dahin per Email einreichen.

Das Praxisseminar beginnt ab dem 19.5. jeweils um 9:30!

Vorbesprechung findet am 21.04. um 10:15 in 017/A6 statt. Vorläufige Zeitangaben, Abstimmung mit Sequenzanalyse möglich, endgültige Festlegung bei der Vorbesprechung.

Allgemeine Informationen

SWS: 4, ECTS: 5
Dozentin: Heike Siebert
Tutorin:
Sprache: Deutsch/Englisch

Termine

Praxisseminar

Do 9-12 h

Arnimallee 6 SR 017 (Bioinformatik-Pool)

Inhalt

Im Praxisseminar geht es um die Modellierung molekularer Netzwerke mittels diskreter/logischer Methoden. Im Laufe das Semesters werden theoretische Grundlagen erarbeitet, Tools vorgestellt und in Gruppen eigenständig Modelle ausgesuchter Systeme auf Basis von Fachartikeln konstruiert und analysiert.

Final presentation

Each group should prepare a 30-minutes talk presenting the key findings of their modeling project, touching on biological background, model construction and analysis, results and conclusions. Each group member should do about half of the presentation. The talk will be followed by a discussion.

Additionally a rough documentation of the modeling project should be handed in, including bullet points on reasoning and references for model construction, list of validation and analysis steps and an overview of the respective results.

Zeitplan

Datum	Thema	Todo
21.04.	Vorbesprechung
28.04.	Intro Systembiologie	Karlebach/Shamir paper
12.05.	Strukturanalyse
19.05.	Software Strukturanalyse, Boolean Modeling I	Software
26.05.	Boolean Modeling II, PyBoolNet
02.06.	Boolean Modeling III, PyBoolNet
09.06.	GINsim	Software Tutorial
16.06.	BoolNet, Projekt	Software Tutorial, Modeling Papers
23.06.	Projekt	Zwischenpräsentation I
30.06.	Mehrwertige Modellierung, Projekt
07.07.	Projekt	Zwischenpräsentation II
14.07.	Ausblick, Projekt
21.07.	Abschlusspräsentationen

Material

• Modeling survey: Karlebach and Shamir, 2008
• slides about SBML
• Notizen Intro Systembiologie
• Structural analysis: Albert 2005, slides
• Cytoscape, NetworkX
• Slides boolean modeling: part 1, part 2, part 3
• Boolean modeling tutorial Saadatpour and Albert, 2012
• PyBoolNet
• Sea Urchin, Davidson, 2007
• Notizen Perturbations/Modeling
• Info zu NetworkX, BoolNet Tutorial und Beispiel und GINsim
• Slides multi-valued modeling here
• Slides Ausblick

Modeling Project

Cell fate decisions
Laslo et al., 2008

Apoptosis regulation
Igney, Krammer, 2002
Zou et al., 2002

Insulin signaling
Camillo et al., 2016

Tumour metastasis
Chanrion et al., 2014

Software tutorials

BoolNet
Website
Papers: background, application

GINsim
Website with tutorials and models
Papers:background, application

Cell Collective
Website with tutorials and models (account required to access models)
Papers:The Cell Collective, Bio-Logic Builder, application

Deliverables

• Endpräsentation Modellierungsprojekt
• Dokumentation Modellierungsprojekt
• Softwaretutorial