Willkommen zum Wiki des Praxisseminars: Rechnergestützte Systembiologie SS 2014

Aktuelles

Hier sind endlich die Noten.

1. Termin am Mittwoch 16.04.2014, 14:15, in A 6, SR 017

Allgemeine Informationen

SWS: 4, ECTS: 5
Dozente/in: Heike Siebert
Tutorinnen: Firdevs Topcu-Alici, Kirsten Thobe
Sprache: Deutsch

Termine

Praxisseminar

Mi 14-18h

Arnimallee 6 SR 017 (Bioinformatik-Pool)

Inhalt

Im Praxisseminar geht es um die Modellierung molekularer Netzwerke mittels diskreter/logischer Methoden.
Im Laufe das Semesters werden theoretische Grundlagen erarbeitet, Tools vorgestellt und in Gruppen eigenständig Modelle
ausgesuchter Systeme auf Basis von Fachartikeln konstruiert und analysiert.

Zeitplan

Datum	Thema	Zum Termin vorzubereiten/Slides
16.04.	Vorbesprechung
23.04.	Systembiologie und Modellierungsformalismen	Karlebach Artikel
30.04.	Strukturanalyse (Cytoscape)
07.05.	Logische Modellierung I (GINsim)
14.05.	Logische Modellierung II (GINsim)
21.05.	Einstieg Modellierungsprojekt	Stichpunkte zum gewählten GINsim Artikel: Modellkonstruktion, Validierung, Analyse, Fragestellungen, Resultate
28.05.	BoolNet und Modellierungsprojekt	R version 3.1.0, RStudio Version 0.98.501 → nicht zwangsläufig notwendig, geht auch über R-console bitbucket, slides
04.06.	BooleanNet und Modellierungsprojekt	slides
11.06.	Zwischenpräsentation Modellierungsprojekt	Bericht zum bisherigen Vorgehen
18.06.	Petri Nets (Snoopy) und Modellierungsprojekt	slides, slides2
25.06.	Cell Net Optimizer und Modellierungsprojekt	tutorial, slides
02.07.	Cell Collective und Modellierungsprojekt	slides, slides2
09.07.	Abschlussvorträge
16.07.	Abschlussvorträge

Zeitplan für den 09.07.2013

Zeit	Gruppe
14:15-15:00	Geschmacksübertragung
15:00-15:45	Circadiane Rhythmen
15:45-16:30	mTor Signalweg
16:45-17:30	Geruchsübertragung
17:30-18:15	Asthma

Arbeitsaufträge und vorzubereitende Beiträge

• Artikel und Modell aus dem GINsim model repository: Artikel durcharbeiten und Modellanalyse in GINsim soweit möglich reproduzieren; Stichpunkte sammeln zu Fragestellungen, Modellkonstruktion, Validation, Analyse und Schlussfolgerungen im Artikel
• Software Vorstellung: 90 Minuten Unterrichtseinheit zum Umgang mit der Software vorbereiten, Besonderheiten/Eignung der Software für bestimmte Fragestellungen und Kritikpunkte heraus stellen, Modell und Analyse aus den zugehörigen Anwendungsartikeln zur Illustration vorstellen
• Zwischenpräsentation: Formloser Kurzvortrag zum bisherigen Vorgehen (15-20 min), insbes. Vorstellen des biologischen System, Fragestellung, erstes Modell und ggf Analyse, Ausblick, Probleme (gelöst und ungelöst)
• Abschlussvortrag (30 min + 15 min Diskussion, präsentiert von allen Gruppenmitgliedern): ausgewählte Inhalte, die strukturierte systembiologische Netzwerkanalyse dokumentieren; (Folien)appendix mit vollständigen Daten zu Konstruktion und Analyse

Material

• Modeling survey: Karlebach and Shamir, 2008
• slides zu SBML
• BioModels Datenbank intro und paper
• Cytoscape
• Interaction graphs slides
• Logical modeling I slides
• Logical modeling II slides
• GINsim
• Boolean modeling tutorial Saadatpour and Albert, 2012
• Sea urchin paper: Smith, Theodoris and Davidson, 2007

Seminarthemen
Die Materialien sind als Grundlage gedacht. Es kann gerne ein bisschen in Eigenregie recherchiert werden.

CNA
Webseite
Anwendung: Saez-Rodriguez et al., 2007, T Cell Signaling

Cell Collective
Website with tutorials and models (account required to access models)
Papers:The Cell Collective, Bio-Logic Builder, application

Petri Nets
Papers: background, application
Software Snoopy

BoolNet
Website
Papers: background and application

BooleanNet
Website
Background, application

Cell Net Optimizer
Website
Anwendung

Odefy
Website with download and documentation
Background and application paper