Willkommen zum Wiki des Praxisseminars: Rechnergestützte Systembiologie

Aktuelles

Die abschließenden Bewertungen sind hier zu finden. Falls jemand eine Notenbesprechung möchte: schreibt mir eine kurze Email, dann machen wir einen Termin aus.

Für das Seminar am 12.06.2013 bitte R package CellNOptR installieren.

Bei Fragen zu und Problemen mit Modellierung oder Seminarthemen melden Sie sich gerne bei einem der Dozenten!!!

1. Termin am Mittwoch 10.04.2013 in A 6, SR 108/109

Allgemeine Informationen

SWS: 4, ECTS: 5
Dozente/in: Heike Siebert
Tutorinnen: Firdevs Topcu-Alici, Kirsten Thobe
Sprache: Deutsch/Englisch

Termine

Praxisseminar

Mi 14-18h

Arnimallee 6 SR 017 (Bioinformatik-Pool) bzw. R 108/109)

Inhalt

Im Praxisseminar geht es um die Modellierung molekularer Netzwerke mittels diskreter/logischer Methoden.
Im Laufe das Semesters werden theoretische Grundlagen erarbeitet, Tools vorgestellt und in Gruppen eigenständig Modelle
ausgesuchter Systeme auf Basis von Fachartikeln konstruiert und analysiert.

Terminplanung Seminare, Status- und Abschlussberichte

Die Seminarthemen sollen als Unterrichtseinheit aufbereitet werden, d.h. Sie können vorbereitende Hausaufgaben geben und müssen nicht den kompletten Stoff als Vortrag vermitteln. Die von 3-4 Studierenden aufbereiteten Themen sollen 70-90 Minuten füllen. Einzelthemen und Zweiergruppen sollten Material für 30-45 Minuten vorbereiten. Nach Absprache können die Einheiten auch länger werden. Mindestens eine Woche vorher müssen Konzept und Inhalte mit einem der Dozenten besprochen werden!

Begleitend zu den Seminareinheiten wird jede Gruppe etwa zweiwöchentlich einen kurzen Statusbericht (etwa 10 Minuten) zu ihrem Modellierungsprojekt geben.

Datum	Thema	Vortragende/r	Statusbericht
22.05.2013	Cell Collective	I. Soares Parchao, B. Hillmer, J. Tiemann	Vorstellung System
29.05.2013	Petri Netze	A. Vowinkel, L. Barros de Andrade e Sousa, L. Ly
05.06.2013	Databases	P. German, S. Cho	Vorstellung erstes Modell/erste Analyse
12.06.2013	Cell Net Optimizer	A. Grigore, M. Seeger, H. Detering	R package CellNOptR installieren
19.06.2013	SBML	D. Vinzelberg, J. Biedermann, D. von Meer	Modellerweiterung/weitergehende Analyse
26.06.2013	Odefy	M. Wypokol, N. Genov
03.07.2013	Abschlusspräsentation Modellierung
10.07.2013

Abschlusspräsentation und -bericht

Präsentation:
Die Präsentationen werden alle am 03.07. stattfinden - bitte plant ein, dass wir etvl überziehen müssen.

• etwa 30 Minuten (etwa 10 Minuten pro Gruppenmitglied)
• englisch/deutsch
• Inhalt: biologisches System und Fragestellung, Modellkonstruktion (Daten, Annahmen, etc), Struktur- und Dynamikanalyse, evtl Erweiterungen, Fazit

Zeitplan für den 03.07.2013

Zeit	Gruppe
14:15-15:00	I. Soares Parchao, B. Hillmer, J. Tiemann
15:00-15:45	A. Vowinkel, L. Barros de Andrade e Sousa, L. Ly
15:45-16:40	P. German, S. Cho, M. Seeger, H. Detering
16:45-17:30	D. Vinzelberg, J. Biedermann, D. von Meer
17:30-18:15	M. Wypokol, N. Genov, A. Grigore

Bericht:

• Inhalt wie für die Präsentation, aber mit ausführlicher Dokumentation des Modellierungs- und Analyseprozesses
• Artikelstil, also mit entsprechender Einleitung, Abbildungen, Fazit, Referenzen…
• ca 5 Seiten, englisch/deutsch
• Abgabe spätestens 01.10.2013

Materialien

Slides
Start
Structure Analysis
Dynamics 1
Dynamics 1b
Dynamics 2

Papers
Sanchez, Thieffy 2001, Drosophila
Kim et al., 2011, Sorafenib
Saez-Rodriguez et al., 2007, T Cell Signaling

Links
CNA
GINsim

Seminarthemen
Die Materialien sind als Grundlage gedacht. Es soll gerne ein bisschen in Eigenregie recherchiert werden.

Cell Collective
Website with tutorials and models (account required to access models)
Papers:The Cell Collective, Bio-Logic Builder

Petri Nets
Papers: background, application
Software Snoopy

SBML
Website
qual package with specifications
Papers: background and application

Databases
ConsensusPathDB
Background

Cell Net Optimizer
Website with link to paper of Saez-Rodriguez et al., 2009.

Odefy
Website with download and documentation
Background and application paper

Further topics

• Analysis using model checking
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