Projektmanagement im Softwarebereich, SoSe 2014
(19588a und 19588b)

• Einführung in Software Engineering am Freitag entfällt leider!

Dies ist die Wiki-Seite zum Praktikum "Projektmanagement im Softwarebereich" - SeqAn - für BSc-Studenten.

Alle Zeiten sind s.t., also wie außerhalb der Uni zu verstehen.

Zu den unten genannten Terminen (Tutorialwoche und Vorträge) gibt es eine Anwesenheitspflicht. Die Ausarbeitung des Projektplans und die Bearbeitung der Projekte erfolgt dann selbständig in freier Arbeit mit Unterstützung des Betreuers.
Während dieser Zeit sollten sich die Teilnehmer regelmäßig/wöchentlich mit ihrem Betreuer treffen.

C++ Ressourcen

• C++ Fortgeschrittenenkurs SS 2013
• C++ Einfuehrungskurs WS 2012
• C++ Classes & Templates

• Die URL fuer das SeqAn Repository ist https://github.com/holtgrewe/seqan/branches/pmsb_2014

Teilnehmer

Name
Jonas Ditz
Irene Ziska
Jonathan Baumann
Deyan Dzhurov

Aufteilung auf die Teilprojekte

Name	Teilprojekt
	0. Projektübersicht: Projektübersicht (Lies mich zuerst!)
Deyan	1. Read mapper: Einfacher, exakter read mapper (Rahn)
Jonas	2. SNP caller: Bayesian SNP caller nach realignment (Krakau)
Irene	3. Split read mapping: Split read mapping von nicht-alignierten reads mit small indels (Singer)
Jonathan	4. Insert assembly: Assemble larger inserts and anchor them (Holtgrewe)

Zeitplan

Datum	Termin/Dauer	Name	Ort
Di, 01.04.2014	14-16 Uhr	Vorbesprechung	K40, Takustr. 9 (UG)
07.04.-11.04.2014	9-18 Uhr	SeqAn-Tutorial, Aufteilung der Teilprojekte	RR 017, Arnimallee 6
23.04.2014	09-12 Uhr	Vorstellung der Projektpläne	K40, Takustr. 9 (UG)
23.05.2014	23:59 Uhr	Abgabe des Abschlussberichts	(per Email)
28.05.2014	10-18 Uhr	Vorstellung der Ergebnisse; 12-14 Uhr Mittagspause	K40, Takustr. 9 (UG)

Zeitplan der Tutorial-Woche vom 07.04.-11.04.2014

Datum	Termin/Dauer	Titel	Tutor
07.04.2014	09-12 Uhr s.t.	SeqAn Tutorial: First Steps	Manuel Holtgrewe
	13-18 Uhr s.t.	SeqAn Tutorial: Sequences, Iterators, Alphabets, StringSets	Oliver Stolpe
08.04.2014	09-12 Uhr s.t.	SeqAn Tutorial: Alignments	Rene Rahn
	13-18 Uhr s.t.	SeqAn Tutorial: Sequence I/O	Manuel Holtgrewe
09.04.2014	09-12 Uhr s.t.	SeqAn Tutorial: Pattern Matching	Jochen Singer
	13-18 Uhr s.t.	SeqAn Tutorial: Indices	Jochen Singer
10.04.2014	09-12 Uhr s.t.	SeqAn Tutorial: FragmentStore	Leon Kuchenbecker
	13-16 Uhr s.t.	Test Driven Development	Björn Kahlert, Manuel Holtgrewe
	16 Uhr s.t.	Aufteilung der Teilprojekte	alle
11.04.2014	09-12 Uhr s.t.	ENTFÄLLT Einführung in Softwareengineering	Björn Kahlert
	13-16 Uhr s.t.	ENTFÄLLT Einführung in Softwareengineering	Björn Kahlert

Entwicklungsumgebungen IDEs

Wir unterstützen im Rahmen dieses Praktikums die folgenden Entwicklungsumgebungen / Betriebssysteme.

Windows	Visual Studio 2010, Download über MSDN Academic Alliance des Fachbereichs.
Linux	Makefiles mit GCC oder LLVM/CLANG 3.0
Mac Os X	Xcode

Subversion Repository

• Das Repository befindet sich unter https://svn.mi.fu-berlin.de/sandbox_psmb13/2014, login mit eurem ZEDAT Benutzer.
• Ein kleines Tortoise SVN Tutorial.

Einrichtung von SeqAn für das Praktikum in Kurzform:

• SeqAn auschecken: https://github.com/holtgrewe/seqan/branches/pmsb_2014 nach SeqAn-Verzeichnis (Tortoise SVN: Verzeichnis im Explorer erstellen, dann Rechtsklick und "Tortoise SVN Checkout...")
• Die Sandbox des Benutzers ${USER} auschecken nach SeqAn-Verzeichnis/sandbox/${USER}. (Tortoise SVN: Verzeichnis im Explorer erstellen, dann Rechtsklick und "Tortoise SVN Checkout...")
• Build Verzeichnis build erstellen, z.B. parallel zu Seqan-Verzeichnis
• Im build Verzeichnis das erste mal cmake ../Seqan-Verzeichnis ausführen. Danach reicht ein cmake . im build Verzeichnis.

Abhängigkeiten

Wir brauchen für SeqAn neben den Entwicklungsumgebungen (s.o.) die folgenden Softwarepakete: Subversion, CMake. Python wird empfohlen, wir brauchen Python 2.X, nicht Python 3.

Windows

• CMake Windows Installer
• Python Windows Installer
• TortoiseSVN Windows Downloads

Mac Os X

• Install the XCode Tools through the App Store

Linux

• z.B. auf aktuellem Ubuntu: sudo apt-get install subversion cmake python2.7

Vorlagen für Abschlussbericht und Präsentationen

• Latex Template

Der Abschlussbericht soll detailliert auf 2-3 Seiten darstellen welches Problem bearbeitet wurde, wie es gelöst wurde, welche Schwierigkeiten aufgetreten sind und welche Ergebnisse erreicht wurden. Falls Teile der Aufgabe nicht gelöst wurden, beschreiben Sie die Gründe dafür. Sehen Sie noch Potential für die Verbesserung des Algorithmus?

• PPT Template

Die Abschlusspräsentation sollte 30 Minuten (wie in der Prüfungsordnung beschrieben) dauern und vorstellen, was Sie in den 300 Stunden des Praktikums getan haben. Dazu gehört eine kurze Einführung in die Thematik. Diese sollte sich jedoch auf das wesentliche beschränken, sodass Sie noch genug Zeit haben auf den Schwerpunkt Ihres Praktikums, also die Problemlösung und Implementierung, einzugehen. Sie sollten berichten welche algorithmischen Probleme bestanden und wie diese mit Hilfe von SeqAn umgesetzt wurden. Sie sollen außerdem auf Probleme eingehen die sich erst im Laufe des Praktikums herausgestellt haben, welche ihren Ursprung in der Implementierung oder aber auch Planung hatten. Wie bereits für den Abschlussbericht gilt, falls Teile der Aufgabe nicht gelöst wurden, beschreiben Sie die Gründe dafür. Sehen Sie noch Potential für die Verbesserung des Algorithmus?

Formular für regelmäßiges progress meeting

• progress meeting

Links

• Homepage von SeqAn: Hier gibt es alle Informationen sowie aktuelle Snapshots der Bibliothek zum herunterladen.
• SeqAn Dokumentation: Die aktuellste Version der Doku.
• SeqAn Tutorial: Einführung in verschiedene Module von SeqAn mit Übungsaufgaben.
• SeqAn Trac: System für Fehlerreports in SeqAn und direkter Einblick in den aktuellen Entwicklungsstand des Projekts. Hier könnt ihr Fehler melden, wenn ihr welche gefunden habt.