Welcome to the Seminar Wiki Projektmanagement im Softwarebereich: Regulatorische Netzwerke SS 2016

News

Präsentationen: Die Präsentationen finden am Montag, den 06. Juni, um 10 Uhr in der Arnimallee 6, Raum 017, statt.

Bilder: Die Bilder der Graphen gibt es hier als Quelltext gesammelt in einer Latex-Datei (Graphen.tex) oder als einzelne Bilder (.pdf) zum Einbinden in diesem Archiv: EinzelneBilder.zip

Terminänderung: Ab dem 18. April treffen wir uns immer montags statt dienstags, Zeit und Raum bleiben wie vorher.

Testen und Optimieren: Dokumentation zu unitest, cProfile, timeit und Gitlab-CI.

Die Folien der Präsetationen gibt es hier: Python-sauber_coden.pdf und Versionskontrolle_mit_Git.pdf.

Mailingliste Bitte tragt euch alle in die Mailingliste ein: https://lists.fu-berlin.de/listinfo/SoftWareProjectC-SS16/

Allgemeine Informationen

SWS/credit hrs: 4+1 , credits: 10 ECTS

Dozenten: Alexander Bockmayr, Therese Lorenz

Sprache: Deutsch/Englisch

Termine

Praktikumsbeginn: 15. März 2016
Letztes Treffen: 10. Mai 2016
Abschlussvortrag: 06. Juni 2016

Feste Termine (ab 18. April): Jeden Montag, um 10 Uhr in der Arnimallee 6, Raum 017
Feste Termine (bis 12. April): Jeden Dienstag, um 10 Uhr in der Arnimallee 6, Raum 017
Erste Woche: Dienstag (Raum 017), Donnerstag (Raum 017) und Freitag (Raum 030)
Vorbesprechung: Fr, 26. Februar um 10 Uhr in der Arnimallee 6, Raum 126

Datum	Typ	Vortragender	Thema	Materialien zur Vorlesung	Zusätzliche Materialien
15.03.2016	Vorlesung und Übung	Lorenz	Regulatorische Netzwerke	EinführungInRegulatorischeNetzwerke.pdf	WahlDerLogischenParameter.pdf
17.03.2016	Präsentationen		Versionskontrolle, Dokumentation, Sauber Coden	Versionskontrolle_mit_Git.pdf Python-sauber_coden.pdf
18.03.2016	Übung		Python & networkx

Inhalt

In der Systembiologie wird unter anderem betrachtet, wie die bei der Genexpression gebildeten Proteine wieder auf die Gene zurückwirken und deren Expression unterdrücken oder aktivieren können. Um diese Gen-Protein-Interaktionen zu beschreiben, werden regulatorische Netzwerke benutzt. Eine rechnergestützte Analyse solcher Netzwerke kann dabei helfen, die Auswirkung dieser gegenseitigen Beeinflussungen besser zu verstehen.
Mit einer geeigneten Diskretisierung kann man einen endlichen Graphen konstruieren, der das Verhalten des Systems grob beschreibt. Für den speziellen booleschen oder zweiwertigen Fall gibt es bereits diverse Tools zur Analyse dieser Graphen. Die Basis hierfür bilden Algorithmen aus der Graphentheorie.
Ziel dieses Projekts ist es, ein entsprechendes Framework für mehrwertige Systeme zu implementieren, zum Beispiel unter Verwendung des Python-Pakets networkx. Darauf aufbauend sollen weitere Algorithmen zur Analyse spezifischer Eigenschaften dieser Graphen entwickelt werden.

Aufgaben

Projektgruppen

Quellen & Materialien

Die Präsentation der Informationsveranstaltung gibt es hier: AnalyseGenregulatorischerNetzwerke.pdf

Ein paar vielleicht hilfreiche Links für die Vorträge:
http://rosalind.info/problems/list-view/?location=python-village
http://www.sphinx-doc.org/en/stable/
http://docs.python-guide.org/en/latest/writing/documentation/
https://www.atlassian.com/git/tutorials