Welcome to the seminar wiki Projektmanagement im Softwarebereich: Regulatorische Netzwerke SS 2011

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17.3.2011: Link to protected wiki: https://mathlife.mi.fu-berlin.de/w/Main/WebHome

General Information

SWS/credit hrs: 4+1 , credits: 10 ECTS
Lecturers: Alexander Bockmayr (AB), Hannes Klarner (HK)
Language: German

Dates

	Beide Gruppen	10.März. Zeit: 13:30-16:00 (mit Pause). Ort: A6 032	Einführung Thomas Formalismus und CTL.
	Projekt Model Checking	11.März. Zeit: 10:00-13:00 Uhr. Ort:A6 017	Software setup und Übungen.
	Projekt Graphenvisualisierung	17.März. Zeit: tba. Ort:A6 017	Software setup und Übungen.

Content

Regulatorische Netzwerke beschreiben Interaktionen (Aktivierung/Inhibition) zwischen Genen und Proteinen.
Eine wichtige Aufgabe der Systembiologie ist die Untersuchung der Dynamik solcher Netze,
d.h. die Frage, wie sich die Aktivität der Gene/Proteine in der Zeit verändert.
a) Model checking: Im Rahmen des Projekts soll dazu ein Software-System entwickelt werden,
mit dem dynamische Eigenschaften logischer Modelle regulatorischer Netzwerke durch Model-Checking-Methoden
analysiert werden können. Diese Verfahren stammen ursprünglich aus der Informatik und werden dort zur
formalen Verifikation von Hardware und Software eingesetzt.
b) Graphvisualisierung: Im Rahmen des Projekts soll dazu ein Software-System entwickelt werden,
mit dem die Dynamik regulatorischer Netzwerke als gerichtete Graphen dargestellt werden kann.
Dabei soll die Erreichbarkeit von Attraktoren sowie der Vergleich zwischen ähnlichen Dynamiken einbezogen werden.

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• Dokumentationen und Links

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