Aufgabe 6, Gruppe 2: Berechnung von essenziellen Reaktionen

Deadline: Mittwoch, 15.04.2015

Schreibe ein Programm, dass:

• ein metabolisches Netzwerk einliest: Einen struct in einem .mat file, welches "network" heißt, mit:
  • S: die stöichiometrische Matrix
  • rev: der Reversibilitäts-Vektor (rev(i) = 0: Reaktion i ist nicht reversibel, rev(i) = 1: Reaktion i ist reversibel)
  • rxns: Namen der Reaktionen
  • lb: untere Schranken
  • ub: obere Schranken
  • description: Name des Netzwerks
• ein zweites Argument einliest, welches die Zielreaktion beinhaltet. Sollte dieses Feld leer sein, wird als Zielreaktion die Biomasse genommen.
• Das Programm soll folgendes berechnen:
  • Iterativ sollen essenzielle Reaktionen berechnet werden
  • Hierzu sollen die Ergebnisse aus der FCA benutzt werden, um die Berechnung zu Beschleunigen
• Ausgabe-Format:
  • Die essenziellen Reaktionen sollen in einem .csv File mit zwei Spalten gespeichert werden.
  • In der einen Spalte soll der Index der Reaktion stehen, in der Spalte daneben der Name dieser Reaktion
    

Schreibe das gleiche Programm, nur ohne die Hilfe der FCA und dem Ausschliessen von möglichen Reaktionen (wie in der Vorlesung beschrieben) und mache eine Laufzeitanalyse.

Schreibe ein weiteres Programm, dass:

• Die essenzielle Mengen von Reaktionen berechnet
• Eingegeben soll hier ebenfalls die maximale Kardinalität dieser Mengen
• Mit eingelesen werden müssen die essentiellen Reaktionen aus dem vorherigen Programm
• Die Ergebnisse aus der FCA sollen wieder benutzt werden, um die Laufzeit zu verkürzen

Ausgabe-Format:
Ein cell array, wo jeder Eintrag einer essenziellen Menge entspricht. Dieser Eintrag besteht wieder aus einem cell mit zwei Spalten. In einer steht wieder der Index der Reaktion und in der anderen der Name.
Alternativ geht auch wieder ein csv File wie bei den essenziellen Reaktionen. Zwischen den Mengen soll dann eine Leerzeile sein.