Aufgabe 3: Flux Variability Analysis

Deadline: Mittwoch, 25.03.2015

Schreibe ein Programm, dass:
  • ein metabolisches Netzwerk einliest: Einen struct in einem .mat file, welches "network" heißt, wie in Aufgabe 1 beschrieben.
  • ein zweites Argument einliest, welches entweder BIOMASS oder der Namen einer Reaktion ist
  • ein drittes Argument einliest, welches der Name des Outputfiles ist.
Das Programm soll die Fluss-Variabilität jeder Reaktion berechnen.
Ausgabe-Format:
  • Ausgegeben werden sollen drei .txt Files die den Namen des Outputfiles haben und als Ergänzung _variable, _notvariable oder _notused.
  • Der variable file soll aus drei Spalten bestehen:
    • in der ersten stehen die Namen der Reaktionen, geordnet nach ihrem Index
    • in der zweiten Spalte steht der maximale Fluss der durch die entsprechende Reaktion gehen kann
    • in der dritten Spalte steht der minimale Fluss der durch die entsprechende Reaktion gehen kann
  • Überschrift der Spalten soll entsprechend sein:
    • Name
    • Max Value
    • Min Value
  • Der notvariable file soll aus zwei Spalten bestehen:
    • in der ersten stehen die Namen der Reaktionen, geordnet nach ihrem Index. In der ersten Zeile steht die Biomasse-Reaktion oder die Reaktion die maximiert werden sollte
    • in der zweiten Spalte steht der Fluss, der durch die entsprechende Reaktion geht
  • Der notused file soll aus einer Spalte bestehen, indem die Reaktionen nach ihrem Index aufgelistet sind, die nie Fluss im betrachteten Fall haben.
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