Willkommen zum Vorlesungs-Wiki Molekulare Netzwerke (A) WS 2012/2013

Aktuelles

Results of the examination

The second exam will be held on 11 April 2013, 10:15-11:45, SR 108/109 Arnimallee 6.

Allgemeine Informationen

SWS: 3, ECTS: 6
Dozenten: Alexander Bockmayr (AB), Heike Siebert (HS)
Sprache: Deutsch

Termine

Vorlesung:	Fr 14-16h	Arnimallee 3 SR 119
Übung:	Di 12-14h	Arnimallee 3 SR 119

Inhalt

Fortgeschrittene Kenntnisse in der Modellierung und Simulation biochemischer, biophysikalischer oder biologischer Eigenschaften
molekularer Netzwerke, insbesondere in Hinsicht der Verknüpfung von experimentellen Ergebnissen, mathematischem Modell
und algorithmischer Umsetzung. Die Studentinnen und Studenten werden in die Lage versetzt, Modelle für molekulare Netzwerke
zu entwerfen und kritisch zu bewerten; sie lernen algorithmische Methoden zur Analyse solcher Modelle kennen, können ihre Aussagekraft
einschätzen und gewinnen eigene Anwendungserfahrungen.

Planung

Date	Type	Lecturer	Topic	Lecture Material	Additional Material
19.10.12	Lecture	A. Bockmayr	Metabolic network analysis	Slides	OrthThielePalsson10
26.10.12	Lecture	A. Bockmayr	Metabolic pathways	Slides	Rezola et al. 09
30.10.12	Exercises	A. Bockmayr		Exercises
02.11.12	Lecture	A. Müller	Thermodynamic constraints	Slides	Müller12
09.11.12	Lecture	A. Bockmayr	Regulatory FBA	Slides	CovertSchillingPalsson01
13.11.12	Exercises	A. Bockmayr		Exercises
16.11.12	Lecture	H. Siebert	Introduction Cellular Automata	slides
16.11.12	Lecture	H. Siebert	1-d CAs	slides
27.11.12	Exercises	H. Siebert		problem sheet
29.11.12	Lecture	H. Siebert	1-d CAs (cont.)
07.12.12	Lecture	H. Siebert	Probabilistic CAs	slides
11.12.12	Exercises	H. Siebert		problem sheet
14.12.12	Lecture	H. Siebert	Growth models	slides
21.12.12	Lecture	H. Siebert	Lattice Gas CAs	slides
08.01.13	Exercises	H. Siebert		problem sheet
11.01.13	Lecture	A. Bockmayr	Petri nets	Slides	Survey
18.01.13	Lecture	A. Bockmayr	Petri nets II	Slides	PalinkasBockmayr11
22.01.13	Exercises	A. Bockmayr		Exercises	Solution
25.01.13	Lecture	A. Bockmayr	Petri nets III	Slides	PalinkasBockmayr11
01.02.13	Lecture	A. Bockmayr	Hybrid modeling I	Slides
05.02.13	Exercises	A. Bockmayr		Exercises
08.02.13	Lecture	A. Bockmayr	Hybrid modeling II	Slides1 Slides2	SiebertBockmayr08
18.02.13	Exam

Weiterführende Literatur

Topic	Article	Supplementary Material
Genome-Scale Metabolic Networks	TerzerMaynardCovertStelling09
Flux Balance Analysis	OrthThielePalsson10	Supplementary Tutorial
COBRA Toolbox	Schellenberger et al. 11	COBRA
Flux Coupling Analysis	Larhlimi et al. 12	F2C2
Elementary Flux Modes	deFiguieredo et al. 09	efmtool
Minimal Metabolic Behaviors	LarhlimiBockmayr09, Rezola et al. 09
Regulatory FBA	CovertSchillingPalsson01, CovertPalsson03
Hybrid automata	AlurHenzingerLaferrierePappas00

Cellular Automata

A. Wuensche, M. Lesser, The Global Dynamics of Cellular Automata: An Atlas of Basin of Attraction Fields of One-Dimensional Cellular Automata, Perseus Books, 1992.

G. B. Ermentrout, L. Edelstein-Keshet, Cellular Automata Approaches to Biological Modeling, J. theor. Biol. 160, 97-133, 1993.

A. Deutsch, S. Dorman, Cellular Automaton Modeling of Biological Pattern Formation, Birkhäuser, Boston, 2005.
I have a copy of the book in my office. Anyone interested can have a look and photocopy stuff if needed.

Mindestanforderung

Aktive und regelmäßige Teilnahme an den Übungen, Bestehen der Klausur

Kommentar