Willkommen im Vorlesungs-Wiki Algorithmen in der Systembiologie (P3) SS 2012

News

Klausurergebnisse

Ergebnisse Nachklausur

Allgemeine Informationen

SWS: 3+1+2
Credits: 10 ECTS
Dozent: Alexander Bockmayr, Martin Vingron,
Sprache: Deutsch/Englisch

Inhalt

Es werden vertieft Themen aus folgenden Gebieten behandelt:

• Modellierung, Simulation, experimentelle Untersuchung und Visualisierung molekularer und zellulärer Netzwerke
• Konzepte neuronaler Kodierung, mathematische Beschreibungsformen neuronaler Prozesse im Vergleich zu experimentellen Beobachtungstechniken und zugehörige statistische Auswertungsverfahren
• stochastische und statistische Analyse komplexer Datenmengen und Zeitreihen aus biologischen oder medizinischen datengebenden Verfahren und ihre Visualisierung oder Konzeptualisierung

Termine (ab 14.5.2012)

Vorlesung/Übung	Mo 10.00-11.30h	Arnimallee 6 SR 025/026
Vorlesung/Übung	Fr 10.15-11.45h	Arnimallee 6 SR 025/026
Seminar:	Mo 12.30-14.00h	Arnimallee 6 SR 025/026

Vorlesungsplan

Für den ersten Teil der Veranstaltung am MPI Molekulare Genetik, siehe http://lectures.molgen.mpg.de/algsysbio12/index.html

Datum	Veranstaltung	Thema	Vortragender	Materialien
Mo 14.5.	Vorlesung	Introduction	A. Bockmayr	Slides Article
Fr 18.5.	Vorlesung/Übung	Constraint-based modeling	A. Bockmayr	Slides Article
Mo 21.5.: 10.00-11.30	Vorlesung/Übung	Constraint-based modeling	A. Bockmayr	Slides
Mo 21.5.: 12.30-14.00	Vorlesung/Übung	Constraint-based modeling	A. Bockmayr	Article
Fr 25.5.	Vorlesung/Übung	Constraint-based modeling	A. Bockmayr	Exercises
Mo 28.5.	Pfingstmontag
Fr 1.6.	Vorlesung/Übung	Discrete modeling	A. Bockmayr	Slides Article Book
Mo 4.6.: 10.00-11.30	Seminar	Constraint-based modeling I	S. Richter I. Bachmann D. Mehnert	COBRA Slides
Mo 4.6.: 12.30-14.00	Seminar	Constraint-based modeling II	R. Otto J. Ibn-Salem	TIGER Slides
Fr 8.6.	Vorlesung/Übung	Discrete modeling	A. Bockmayr	Slides
Mo 11.6.: 10.00-11.30	Vorlesung/Übung	Discrete modeling	A. Bockmayr	Slides
Mo 11.6.: 12.30-14.00	Seminar	Discrete modeling	W. W. Rong E. Schnapka	GinSim Slides
Fr 15.6.	Vorlesung/Übung	Discrete modeling	A. Bockmayr	Slides Exercises
Fr 15.6. ab 11.45 Uhr	Info- Veranstaltung	Reform des Master-Studiengangs
Mo 18.6.: 10.00-11.30	Vorlesung/Übung	Continuous modeling	A. Bockmayr
Mo 18.6.: 12.30-14.00	Seminar	Piecewise-linear modeling	M. Rauer S. Duwal S. Giese	GNA Slides
Fr 22.6.	Vorlesung/Übung	Continuous modeling	A. Bockmayr	Slides XPP Software
Mo 25.6.: 10.00-11.30	Vorlesung/Übung	Continuous modeling	A. Bockmayr	Slides Exercises
Mo 25.6.: 12.30-14.00	Seminar	Hybrid modeling	S. Kolbe M. Osterland T. von Falkenhausen	Biocham Slides
Fr 29.6.	Vorlesung/Übung	Continuous modeling	A. Bockmayr	Slides
Mo 2.7.: 10.00-11.30	Seminar	Continuous modeling I	N.J. Wendel D. Schmoldt M. Seeger	Copasi Slides
Mo 2.7.: 12.30-14.00	Seminar	Continuous modeling II	S. Molnos K. El Amrani M. Hussain	Bioparkin Slides
Fr 6.7.: 10.15-11.45	Vorlesung/Übung	Stochastic modeling	A. Bockmayr	Slides 1 Online-Lecture
Fr 6.7.: 12.00-13.30	Vorlesung/Übung	Stochastic modeling	A. Bockmayr	Slides 2
Mo 9.7.: 10.00-11.30	Seminar	Petri nets	L. Kuhnke F. Kreuchwig P. Pett	Slides Snoopy
Mo 9.7.: 12.30-14.00	Seminar	Stochastic Petri Nets	K. Stenin M. Pawletta M. Günther	Slides Snoopy
Fr 13.7.	Klausurvorbereitung		A. Bockmayr	Exercises
Di 17.7.	Klausur

Literatur

Constraint-based modeling

• Kitano H. Systems biology: a brief overview Science. 2002 Mar 1;295(5560):1662-4
• Orth JD, Thiele I, Palsson BØ. What is flux balance analysis? Nat Biotechnol. 2010 Mar;28(3):245-8.
• de Figueiredo LF, Podhorski A, Rubio A, Kaleta C, Beasley JE, Schuster S, Planes FJ. Computing the shortest elementary flux modes in genome-scale metabolic networks Bioinformatics. 2009 Dec 1;25(23):3158-65.
• Terzer M, Maynard ND, Covert MW, Stelling J. Genome-scale metabolic networks Wiley Interdiscip Rev Syst Biol Med. 2009 Nov-Dec;1(3):285-97

Discrete modeling

• Thomas R, Kaufman M. Multistationarity, the basis of cell differentiation and memory. II. Logical analysis of regulatory networks in terms of feedback circuits Chaos. 2001 Mar;11(1):180-195
• Thomas R, D'Ari R. Biological Feedback. CRC Press, 1990. Online version

Continuous modeling

• Sontag ED. Lecture Notes on Mathematical Systems Biology. Rutgers Univ., Sep 2011
• Tyson JJ, Chen K, Novak B. Network dynamics and cell physiology Nat Rev Mol Cell Biol. 2001 Dec;2(12):908-916

Stochastic modeling

• Gillespie D. Numerical simulation for biochemical kinetics. In: Szallasi Z, Stelling J, Periwal V (Eds) System Modelling in Cellular Biology, Chapter 16, 2006 (Bibliothek)
• Gillespie D. A rigorous derivation of the chemical master equation Physica A 1992; 188: 404-425

In der FB-Bibliothek

• Szallasi Z, Stelling J, Periwal V (Eds) System Modelling in Cellular Biology. MIT Press, 2006
• Braun M. Differential Equations and Their Applications. 4th ed, Springer, 1993.
• Strogatz SH. Nonlinear Dynamics and Chaos, Westview Press, 2001.
• Wilkinson DJ. Stochastic Modelling for Systems Biology. Chapman & Hall/CRC, 2006

Kommentare