Willkommen im Vorlesungs-Wiki Algorithmen in der Systembiologie (P3) SS 2011

News

Klausurergebnisse

Ergebnisse Nachklausur

Allgemeine Informationen

SWS: 3+1+2
Credits: 10 ECTS
Dozenten: Alexander Bockmayr, Martin Vingron, Roland Krause
Sprache: Deutsch

Inhalt

Modellierung, Simulation und Analyse molekularer und zellulärer Netzwerke;
kontinuierliche, diskrete, constraintbasierte und stochastische Modellierung

Termine

Vorlesung:	Mo 10-12h	Arnimallee 6 SR 025/026
Vorlesung 14-tägig:	Fr 10-12h	Arnimallee 6 SR 025/026	siehe auch Vorlesungsplan
Übung 14-tägig:	Fr 10-12h	Arnimallee 6 SR 025/026	siehe auch Vorlesungsplan
Seminar:	Mo 16-18h	Arnimallee 6 SR 025/026

Vorlesungsplan

Für eine detaillierte Übersicht der vom MPI gelesenen Vorlesungen gehen Sie bitte auf die MPI-Webseite

Datum	Veranstaltung	Thema	Vortragender	Materialien
11. April	Vorlesung	Gene Expression	Vingron	siehe MPI-Webseite
11. April	Seminar	Gene Expression	Pommer, Bethune	siehe MPI-Webseite
15. April	Vorlesung	Information Theory and networks	Vingron	siehe MPI-Webseite
18. April	Vorlesung	Protein protein interaction	Vingron	siehe MPI-Webseite
18. April	Seminar	Protein protein interaction	Krause	siehe MPI-Webseite
22. April	keine Veranstaltung	Karfreitag
25. April	keine Veranstaltung	Ostermontag
29. April	Übung		Roland Krause	siehe MPI-Webseite
02. Mai	Vorlesung	Unsupervised learning	Lasserre	siehe MPI-Webseite
02. Mai	Seminar	Clustering	Chefrai, Penzlin	siehe MPI-Webseite
06. Mai	Vorlesung	Supervised learning	Lasserre	siehe MPI-Webseite
09. Mai	Vorlesung	Graphical models	Lasserre	siehe MPI-Webseite
13. Mai	Übung		Lasserre	siehe MPI-Webseite
16. Mai	Vorlesung	Introduction/continuous modeling	Bockmayr	Intro.pdf Cont1.pdf
20. Mai	Vorlesung	Continuous modeling	Bockmayr	Cont2.pdf XPPAUT
23. Mai	Vorlesung	Continuous modeling	Bockmayr	Sontag-Chap.1.6
27. Mai	Übung	Continuous modeling	Bockmayr	Ex1.pdf
30. Mai	Vorlesung	Continuous modeling	Bockmayr	Cont3.pdf
03. Juni	Vorlesung	Discrete modeling	Bockmayr	Discr1.pdf
06. Juni	Vorlesung	Discrete modeling	Bockmayr
06. Juni	Seminar verschoben
10. Juni	Übung	Continuous/discrete modeling	Bockmayr	Ex2.pdf
13. Juni	keine Veranstaltung	Pfingstmontag
17. Juni	Vorlesung	Discrete modeling	Bockmayr	Discr2.pdf
20. Juni	Vorlesung	Discrete/constraint-based modeling	Bockmayr	Constr1.pdf
20. Juni	Seminar	Discrete modeling	Liebers, Mayer	SeminarDiscrete.pdf
24. Juni	Vorlesung/Übung	Constraint-based modeling	Bockmayr	FBA_FVA.pdf
27. Juni	Vorlesung/Übung	Constraint-based modeling	Bockmayr	FCA.pdf Ex3.pdf
27. Juni	Seminar	Constraint-based modeling	Kuhring, Stolpe	SeminarConstrBas.pdf
01. Juli	Übung	Exam preparation	Bockmayr	Ex4.pdf Solution.pdf
04. Juli	Vorlesung	Stochastic modeling	Bockmayr	Gillespie1.pdf Online-Lecture
04. Juli	Seminar	Hybrid modeling	Eckert, Matzig	SeminarHybrid.pdf
08. Juli	Vorlesung	Stochastic modeling	Bockmayr	Gillespie2.pdf
11. Juli	Übung	Exam preparation	Bockmayr	Ex5.pdf
11. Juli	Seminar	Continuous modeling	Ozdoba, Wettig
15. Juli	Klausur

Literatur

Übersicht der Materialien zu den vom MPI gelesenen Vorlesungen auf der MPI-Webseite

• Sontag ED. Lecture Notes on Mathematical Systems Biology. Rutgers Univ., Dec. 2010
• Tyson JJ, Chen K, Novak B. Network dynamics and cell physiology Nat Rev Mol Cell Biol. 2001 Dec;2(12):908-916

• Thomas R, Kaufman M. Multistationarity, the basis of cell differentiation and memory. II. Logical analysis of regulatory networks in terms of feedback circuits Chaos. 2001 Mar;11(1):180-195
• Bernot G, Comet JP, Richard A, Guespin J. Application of formal methods to biological regulatory networks: extending Thomas' asynchronous logical approach with temporal logic J Theor Biol. 2004 Aug 7;229(3):339-47
• Terzer M, Maynard ND, Covert MW, Stelling J. Genome-scale metabolic networks Wiley Interdiscip Rev Syst Biol Med. 2009 Nov-Dec;1(3):285-97
• Marashi, SA, Bockmayr, A. Flux coupling analysis of metabolic networks is sensitive to missing reactions Biosystems. 2011 Jan;103(1):57-66
• Gillespie D. Numerical simulation for biochemical kinetics. In: Szallasi Z, Stelling J, Periwal V (Eds) System Modelling in Cellular Biology, Chapter 16, 2006 (Bibliothek)
• Gillespie D. A rigorous derivation of the chemical master equation Physica A 1992; 188: 404-425

In der FB-Bibliothek

• Braun M. Differential Equations and Their Applications. 4th ed, Springer, 1993.
• Strogatz SH. Nonlinear Dynamics and Chaos, Westview Press, 2001.
• Thomas R, D'Ari R. Biological Feedback. CRC Press, 1990. Online version
• Szallasi Z, Stelling J, Periwal V (Eds) System Modelling in Cellular Biology. MIT Press, 2006
• Wilkinson DJ. Stochastic Modelling for Systems Biology. Chapman & Hall/CRC, 2006

Kommentare