Page Vortrag

Vortag Aufbau neu

• 3min Read-Mapping (Basti)
  • Grundlagen/Probleme (done)
• 11min Projekt introduction (Basti)(done)
  • Motivation (basti, done)
  • Benchmark-Background (Hannes)
  • comparison bwa/bowtie/razers (comparison bwa-bowtie von basti z.t eingefügt, rest hannes) [done]
  • daten erklären, sampling (hannes
• 11min Ergebnisse
  • Tabelle der benchmark Ergebnisse (daten in Prozent) (Hannes)
  • Quality Vergleich (box-plots) für bessere Übersicht lines (Basti) (done)
  • fazit: Biologenmeinung auf dem ersten datensatz beide gleich, auf dem anderen bowtie besser → bwa ist auf dem zweiten Datensatz besser bowtie produziert zuviele FP (Bowtie unzuverlässiger als BWA)
  • Memmory und Runtime Vergleich der Programme (eine Folie additional) (Hannes)

Vortag Aufbau

• 5min Read-Mapping (Basti)
  • Grundlagen/Probleme (done)
  • unterschiede/gemeinsamkeiten BWA/Bowtie (done)
• 5min Projekt introduction (Basti)(done)
• <=5min Benchmark-Background (Hannes/Basti)
  • Manuel kannst du uns hier das abstract des Papers zum Benchmark geben?
• 5min daten erklären
  • zeigen das auf kleineren Datensätzen gleiche Ergebnisse erwartet werden
  • hole human genome
  • wie wurden Datensätze gesampelt (gleichverteilt aus Daten)
• 10min Ergebnisse
  • benchmark mit razers,bwa,bowtie laufen lassen (razers Gold standard) (Hannes)
  • erster Datensatz (bessere)
  • Tabelle der benchmark Ergebnisse (daten in Prozent) (Hannes)
  • Quality Vergleich (box-plots) für bessere Übersicht lines (Basti)
  • fazit: Biologenmeinung auf dem ersten datensatz beide gleich, auf dem anderen bowtie besser → bwa ist auf dem zweiten Datensatz besser bowtie produziert zuviele FP (Bowtie unzuverlässiger als BWA)
  • Memmory und Runtime Vergleich der Programme (eine Folie additional) (Hannes)