Praxismodule Applied Sequence Analysis
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Times and rooms
Rooms and timings
| Event | Day | Time | Address | Room |
|---|---|---|---|---|
| Modul | Wednesday | 10-14 | Arnimallee 6 | R 017 |
Schedule
| Date | Lecture |
|---|---|
| 10.04.-24.04. | Big Data (Tim Conrad) |
| 08.05.-29.05. | Parallel Computing (Tim Conrad) |
| 05.06.-12.06. | The SeqAn C++ library (Knut Reinert) |
| 19.06.-10.07. | Workflow engines (Knut Reinert) |
Material
- Anand Rajaraman and Jeffrey D. Ullman. Mining of Massive Datasets Cambridge University Press, 2011.
- Hadoop book
- Examples from Hadoop book
Requirements for Aktive Teilnahme
Course details
- Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten können Standardprogramme im Bereich der Sequenzanalyse selbstständig benutzen. Sie kennen die verschiedenen Konzepte und sind in der Lage, ausgewählte Systeme zu bedienen und zu programmieren. Die Studentinnen und Studenten können neue Workflows konzipieren und die Ergebnisse grafisch aufbereiten.
- Inhalte: Es werden vertieft Themen aus folgenden Gebieten behandelt:
- Implementierungen von verteiltem Rechnen
- Einbinden von Standardprogrammen in Workflows
- Erstellen und Anwenden von Bioinformatik Workflows in bestehenden Systemen
- Zeitaufwand
- 15 Wochen
- SWS: 4h
- Präsenzzeit: 60h
- Vor- und Nachbereitung: 70h
- Prüfungsvorbereitung und Prüfung: 20h
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