Projektmanagement im Softwarebereich, SoSe 2018

Dies ist die Wiki-Seite zum Praktikum "Projektmanagement im Softwarebereich" - SeqAn - für BSc-Studenten.

Alle Zeiten sind s.t., also wie außerhalb der Uni zu verstehen.

Zu den unten genannten Terminen (Tutorialwoche und Vorträge) gibt es eine Anwesenheitspflicht. Die Ausarbeitung des Projektplans und die Bearbeitung der Projekte erfolgt dann selbständig in freier Arbeit mit Unterstützung des Betreuers.
Während dieser Zeit sollten sich die Teilnehmer regelmäßig/wöchentlich mit ihrem Betreuer treffen.

Viele der Projekte lassen sich auch als Bachelor-Arbeiten fortführen!

Anmeldung: siehe http://www.mi.fu-berlin.de/bioinf/stud/bachelor/studienablauf/projektmanagement.html

Ansprechpartner: hannes.hauswedell [ät] fu-berlin.de

C++ Ressourcen

• AlDaBi-Praktikum WS 2015
• C++ Fortgeschrittenenkurs SS 2013
• C++ Einfuehrungskurs WS 2012
• C++ Classes & Templates

Voraussetzungen

Mit Ausnahme einzelner Projekte sollte man Erfahrung oder zumindest sehr viel Begeisterung mitbringen für:

• C++
• Knifflige Programmierprobleme und Debugging
• Performance-Optimierungen

Aufteilung auf die Teilprojekte

Teilprojekt	StudentIn	BetreuerIn
1. Transforming SeqAn-C++ into WebAssembly		- fällt aus -
2. A simple Motif finder based on random projections		Christopher Pockrandt
3. Genome sized alignment (LAGAN)		Jörg Winkler
4. Evaluation of an Interleaved Bloom Filter on random sequences		Enrico Seiler
5. Detection of homologous regions with FFT		Marie Hoffmann

Zeitplan

Datum	Termin/Dauer	Ort	Inhalt
9.4-13.4. 2018	10-18Uhr	t9/046	Tutorials
…	…	…	Ausarbeitung der Projektpläne (selbstständig)
25.4.2018	10-13h	019	Vorstellung der Projektpläne
…	…	…	Programmieren und Anfertigen des Berichts (selbständig mit regelmäßigen Treffen)
1.6.2018	13-16h	K40	Vorstellung der Ergebnisse

Die Tutorials finden alle in der Takustraße 9, Raum 046 statt. Der vorläufige Zeitplan ist wie folgt:

Datum	Termin/Dauer	Inhalt	Lehrperson
9.4.	10:00 - 10:30	Organisatorisches	Hannes
9.4.	10:30 - 13:00	C++ Crashkurs	Hannes
9.4.	13:00 - 14:00	Mittagspause
9.4.	14:00 - 15:00	C++ Crashkurs	Hannes
9.4.	15:00 - 18:00	CMake, Git, GitHub	Marcel
10.4.	10:00 - 13:00	Debugger nutzen	Rene
10.4.	13:00 - 14:00	Mittagspause
10.4.	14:00 - 18:00	SeqAn-Basics/Sequenzen	Hannes
11.4.	10:00 - 13:00	SeqAn-ArgParser	Svenja
11.4.	13:00 - 14:00	Mittagspause
11.4.	14:00 - 18:00	SeqAn-IndexFM/SA	Chris
12.4.	10:00 - 13:00	SeqAn-Alignments	Rene
12.4.	13:00 - 14:00	Mittagspause
12.4.	14:00 - 15:00	SeqAn-Alignments	Rene
12.4.	15:00 - 18:00	Projektplanung	Jörg
13.4.	10:00 - 13:00	SeqAn-SeqI/O	Marie
13.4.	13:00 - 14:00	Mittagspause
13.4.	14:00 - 18:00	Festlegung-Projekte	Hannes,Chris, Enrico,Rene, Marie

Der Abschlussbericht

• Latex Template

Die Form des Abschlussberichtes soll ein Projektbericht sein. Als Orientierung dient die folgende Gliederung:

1. Projektziele: Projektbeschreibung, Ziele (obligatorische, fakultative)

2. Risikoanalyse: (optional) Erfassung & Klassifizierung von Projektrisiken, Maßnahmen

3. Phasenplanung: Beschreibung der Projektphasen und Meilensteine

4. Projektstruktur: Darstellung des Projektstrukturplans, Beschreibung der Arbeitspakete

5. Ablauf- und Terminplanung: Projektablaufplan, Kritischer Pfad

6. Durchführung: Lösungsweg, aufgetretene Probleme

7. Projektabschluss: Abgleich Ziele/Ergebnisse, Ausblick, Reflexion des Projektes

Der Abschlussbericht soll detailliert darstellen welches Problem bearbeitet wurde, wie es gelöst wurde, welche Schwierigkeiten aufgetreten sind und welche Ergebnisse erreicht wurden. Falls Teile der Aufgabe nicht gelöst wurden, beschreiben Sie die Gründe dafür. Sehen Sie noch Potential für die Verbesserung des Algorithmus?

Die Abschlusspräsentation (1. Juni)

Die Abschlusspräsentation sollte 30 Minuten (wie in der Prüfungsordnung beschrieben) dauern und vorstellen, was Sie in den 300 Stunden des Praktikums getan haben. Dazu gehört u.a. eine kurze Einführung in die Thematik, die Problemlösung und Implementierung. Sie sollten berichten welche algorithmischen Probleme bestanden und wie diese mit Hilfe von SeqAn umgesetzt wurden. Sie sollen außerdem auf Probleme eingehen die sich erst im Laufe des Praktikums herausgestellt haben, welche ihren Ursprung in der Implementierung oder aber auch Planung hatten. Wie bereits für den Abschlussbericht gilt, falls Teile der Aufgabe nicht gelöst wurden, beschreiben Sie die Gründe dafür. Vergleichen Sie, welche Ziele Sie sich vorgenommen haben und welche davon erreicht wurden. (Orientieren Sie sich an den Kapiteln 1, 6 und 7 der oben genannten Gliederung.)

Die Präsentation der Projektpläne (25. April)

beinhaltet im Wesentlichen Kapitel 1 bis 5 der oben genannten Gliederung, möglicherweise ergänzt durch Ideen/Ansätze zur Lösung der Aufgabe.

Formular für den Jour fixe (wöchentlich)

• progress meeting

Links

• Homepage von SeqAn: Hier gibt es alle Informationen sowie aktuelle Snapshots der Bibliothek zum herunterladen.
• SeqAn GitHub: SeqAn's GitHub repository mit allen aktuellen Informationen, Entwicklung sowie Bug Tracker und vieles mehr.
• SeqAn Dokumentation: Die Dokumentation von dem SeqAn master branch.
• SeqAn Tutorial: Einführung in verschiedene Module von SeqAn mit Übungsaufgaben.
• SeqAn Issues: Bug Tracker in SeqAn und direkter Einblick in den aktuellen Entwicklungsstand des Projekts. Hier könnt ihr Fehler melden, wenn ihr welche gefunden habt.