Projektmanagement im Softwarebereich, SoSe 2016
(19401511 (S) und 19401513 (P))

Dies ist die Wiki-Seite zum Praktikum "Projektmanagement im Softwarebereich" - SeqAn - für BSc-Studenten.

Alle Zeiten sind s.t., also wie außerhalb der Uni zu verstehen.

Zu den unten genannten Terminen (Tutorialwoche und Vorträge) gibt es eine Anwesenheitspflicht. Die Ausarbeitung des Projektplans und die Bearbeitung der Projekte erfolgt dann selbständig in freier Arbeit mit Unterstützung des Betreuers.
Während dieser Zeit sollten sich die Teilnehmer regelmäßig/wöchentlich mit ihrem Betreuer treffen.

Anmeldung: siehe http://www.mi.fu-berlin.de/bioinf/stud/bachelor/studienablauf/projektmanagement.html

WICHTIG: Wenn ihr auf jeden Fall in unserer AG das Software-Praktikum machen wollt und auch jetzt schon überlegt bei uns Bachelor-Arbeit zu machen, dann meldet euch vor Ablauf der Frist bei uns!!

Kontakt: hannes.hauswedell [ät] fu-berlin.de

Vorstellungsfolien: 2015_SoSe_SWP.pdf

C++ Ressourcen

• AlDaBi-Praktikum WS 2015
• C++ Fortgeschrittenenkurs SS 2013
• C++ Einfuehrungskurs WS 2012
• C++ Classes & Templates

Teilnehmer

Nr.	Name
1	Mona Prendke
2	Maximilian Pohl
3	Anton Komissarov
4	Philip Albrecht
5	Angelina Scheck
6	Sebastian Proft

Aufteilung auf die Teilprojekte

Teilprojekt	StudentIn	BetreuerIn
1. SeqAnDemo in Javascript	2	Hannes Hauswedell
2. Assessment of off-target effects of non-coding RNAs	5	Jongkyu Kim
3. Read mapper: Einfacher, exakter read mapper	4	Christopher Pockrandt
4. Vectorized Needleman-Wunsch	1	Marcel Ehrhardt
5. Add BAM support to SeqAn SequenceFile	3,6	Temesgen Dadi
6. Genome sized alignment (LAGAN)	3,6	Rene Rahn

Zeitplan 2016

Datum	Termin/Dauer	Name	Ort
Di, 29.03.2016	10-18Uhr	Vorbesprechung, C++-Schnellkurs, Git, Compiler einrichten	T9/005
Mi, 30.03.2016	09-18Uhr	SeqAn UGM Day1, Background + Introduction	T9/005
Do, 31.03.2016	09-16Uhr	SeqAn UGM Day2, Tutorial Sessions	T9/005
Do, 31.03.2016	16-19Uhr	SeqAn UGM Social Event (freiwillig, kostenpflichtig, evtl. Essen frei)	??
Fr, 01.04.2016	09-16Uhr	SeqAn UGM Day3, Tutorial Sessions	T9/005
Mo, 04.04.2016	10-18Uhr	Nachbesprechung SeqAn UGM, Weitere Tutorials, Aufteilung der Projekte	T9/051
		selbstständige Arbeit
Mo, 18.04.2016	10-12Uhr	Vorstellung der Projektpläne (je 10min + 5min feedback)	A3/119
		selbstständige Arbeit
Mo, 23.05.2016	23:59Uhr	Abgabe des Abschlussberichts	(per Email)
Mo, 30.05.2016	10-18Uhr	Vorstellung der Ergebnisse; 12-14 Uhr Mittagspause	10-12 T9/049 14-18 A6/031

Wegen des SeqAn UGM, bitte hier registrieren: http://www.reinert-lab.de/?p=304 [die Gebühr müsst ihr nicht zahlen]

Zeitplan detailliert

*DIENSTAG, 29.03.*

Uhrzeit	Inhalt	Lehrperson
10:00	Organisatorisches	Hannes
10:15	C++ Crashkurs	Hannes
12:30	Mittagspause
13:30	Debugger Crashkurs	Rene
15:00	Pause
15:15	CMake Crashkurs	Marcel
16:30	Pause
16:45	Git + GitHub Crashkurs	Chris
18:00	Ende

* Mittwoch - Freitag, siehe UGM *

* MONTAG, 30.05. *

folgt noch

Entwicklungsumgebungen IDEs

Wir unterstützen im Rahmen dieses Praktikums die folgenden Entwicklungsumgebungen / Betriebssysteme.

Windows	Visual Studio 14 (2015), die Community Edition ist kostenlos erhältlich
Linux	Makefiles mit GCC >= 4.9 oder Clang >= 3.5
Mac Os X	Xcode & Makefiles

Abhängigkeiten

Das hier muss aktualisiert werden!

Wir brauchen für SeqAn neben den Entwicklungsumgebungen (s.o.) die folgenden Softwarepakete:

• git
• CMake
• Python wird empfohlen, wir brauchen Python 2.X, nicht Python 3.

Windows

• Git Windows Installer
• CMake Windows Installer
• Python Windows Installer

Mac Os X

• Installiere die XCode Tools über den App Store.
• Installiere macports (https://www.macports.org/install.php)
• Dann installiere die Pakete über macports: sudo port install git cmake python27

Linux

• z.B. auf aktuellem Ubuntu: sudo apt-get install git cmake python2.7

Vorlagen für Abschlussbericht und Präsentationen

• Latex Template

Der Abschlussbericht soll detailliert auf 2-3 Seiten darstellen welches Problem bearbeitet wurde, wie es gelöst wurde, welche Schwierigkeiten aufgetreten sind und welche Ergebnisse erreicht wurden. Falls Teile der Aufgabe nicht gelöst wurden, beschreiben Sie die Gründe dafür. Sehen Sie noch Potential für die Verbesserung des Algorithmus?

• PPT Template

Die Abschlusspräsentation sollte 30 Minuten (wie in der Prüfungsordnung beschrieben) dauern und vorstellen, was Sie in den 300 Stunden des Praktikums getan haben. Dazu gehört eine kurze Einführung in die Thematik. Diese sollte sich jedoch auf das wesentliche beschränken, sodass Sie noch genug Zeit haben auf den Schwerpunkt Ihres Praktikums, also die Problemlösung und Implementierung, einzugehen. Sie sollten berichten welche algorithmischen Probleme bestanden und wie diese mit Hilfe von SeqAn umgesetzt wurden. Sie sollen außerdem auf Probleme eingehen die sich erst im Laufe des Praktikums herausgestellt haben, welche ihren Ursprung in der Implementierung oder aber auch Planung hatten. Wie bereits für den Abschlussbericht gilt, falls Teile der Aufgabe nicht gelöst wurden, beschreiben Sie die Gründe dafür. Sehen Sie noch Potential für die Verbesserung des Algorithmus?

Formular für regelmäßiges progress meeting

• progress meeting

Links

• Homepage von SeqAn: Hier gibt es alle Informationen sowie aktuelle Snapshots der Bibliothek zum herunterladen.
• SeqAn GitHub: SeqAn's GitHub repository mit allen aktuellen Informationen, Entwicklung sowie Bug Tracker und vieles mehr.
• SeqAn Dokumentation: Die Dokumentation von dem SeqAn master branch.
• SeqAn Tutorial: Einführung in verschiedene Module von SeqAn mit Übungsaufgaben.
• SeqAn Issues: Bug Tracker in SeqAn und direkter Einblick in den aktuellen Entwicklungsstand des Projekts. Hier könnt ihr Fehler melden, wenn ihr welche gefunden habt.