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Willkommen im Wiki der Vorlesung Algorithmen und Datenstrukturen für Bioinformatik (19700)

Die Vorlesung hat 12 credits, davon zählen 6 credits auf die Vorlesung mit Übung, und 6 credits auf ein Praktikum, welches mit dem C++ Kurs beginnt.

Nachrichten

• Nachklausur: Mi, 02. April 2014, 14-16h, Takustr. 9 / SR 005
• Die Klausurergebnisse sind online
• Die Klausur findet zur Vorlesungzeit im Vorlesungraum SR 005 statt
• ACHTUNG: Habe mir einen Magen-Darm-Virus zugezogen. Morgige Übungen (10.12.) entfallen! Thimo
• 17.10.2013: Termin der ersten Vorlesung
• Für das Praktikum bitte in 3er-Gruppen zusammenfinden und hier eintragen.

Klausurergebnisse

2. Klausur

Matrikelnr.	Punkte	Note
xxx9416	59	2,7
xxx6182	64	2,3
xxx9877	33	5,0
xxx2395	54	3,0
xxx2605	36	5,0
xxx9735	55	3,0
xxx7511	54	3,0
xxx7690	49	3,7
xxx196	30	5,0

Es gab 2x eine Aufgabe 5. Zu ihrem Vorteil wurden die Punkte addiert und nur die Gesamtpunktzahl 95 angenommen. Insofern war es eine Bonusaufgabe.

Matrikelnr.	Punkte	Note
xxx8230	70	2,7
xxx3227	84	1,7
xxx4181	49	4,0
xxx5480	45	4,0
xxx9416	42	5,0
xxx5815	58	3,3
xxx0827	67	2,7
xxx8672	90,5	1,3
xxx7177	79	2,0
xxx1897	73	2,3
xxx1362	60	3,3
xxx9539	94	1,0
xxx4330	55	3,7
xxx1350	61	3,0
xxx4761	29	5,0
xxx6756	0	5,0
xxx9877	41	5,0
xxx4414	0	5,0
xxx1484	55	3,7
xxx2395	32	5,0
xxx9527	54	3,7
xxx1189	62	3,0
xxx4374	63	3,0
xxx0902	43	5,0
xxx7927	60	3,3
xxx7116	76	2,0
xxx5993	34	5,0
xxx2605	15	5,0
xxx9296	61	3,0
xxx9735	43	5,0
xxx4587	51	3,7
xxx2779	49	4,0
xxx7511	28	5,0
xxx2897	60,5	3,0
xxx7690	0	5,0
xxx8998	53,5	3,7
xxx0768	50	4,0

Orte und Zeiten

Veranstaltung	Tag	Zeit	Gebäude	Raum	Dozent
Vorlesung	Do	14-16	Takustr. 9	SR 005	Reinert
Übung I	Di	8-10	Takustraße 9	SR 053	Thimo Wellner
Übung II	Di	12-14	Takustraße 9	SR 006	Thimo Wellner
Praktikum I	Di	12-14	Arnimallee 6	SR 017	Sascha Meiers
Praktikum II	Di	14-16	Arnimallee 6	SR 017	Sascha Meiers
Praktikum III	Do	8-10	Takustr. 9	SR 005	Sascha Meiers

Informationen zur LV

Die Vorlesung ist wöchentlich. Ebenso die theoretischen Übungen. Das Praktikum alterniert wöchentlich zwischen einer Besprechung und betreuten Programmierübungen.

Inhalte

Block	Datum
Exaktes Matching: Online- und index-basierte Methoden	17.10.-24.10
Sequenz Alignment	30.10.-14.11.
Filtering und Alignment Heuristiken	21.11.-05.12
Review 1 (Übung)	Di 03.12. 12-14
Multiples Alignment	12.12-14.12.
Formale Sprachen	09.01.-16.01.
Hidden Markov Modelle	23.01.-30.01
Review 2 (Vorlesung)	06.02.2014
Klausur	13.2.2014

Voraussetzungen für die aktive Teilnahme

Sie müssen die folgenden Anforderungen erfüllen:

• Sie müssen insgesamt 75% der Übungsarbeiten erkennbar bearbeitet haben (d.h. man muss erkennen, dass Sie einige Zeit an einer Lösung gearbeitet haben).
• Sie brauchen mindesten 50% der Review Punkte.
• Sie müssen insgesamt 75% der Praktikumsaufgaben erfolgreich gelöst haben und ihre Lösung erklären können.

Übungen

Die Übungen sind in den Unterseiten für die Vorlesungsblöcke zu finden, ebenso spezifische Literaturhinweise. Die Übungen werden drei Kategorien Aufgaben enthalten:

• Niveau I : Wenn sie beständig diese Aufgaben nicht lösen können, sollten Sie sich Sorgen machen.
• Niveau II : Wenn sie diese zu großen Teilen lösen, so sind sie auf einem guten Weg ins MSc Studium
• Praktische Aufgaben: Diese sind mit den Inhalten des Praktikums abgestimmt.

Abgabe: ACHTUNG: Es gibt nun ein Tutorenfach im Informatik-Institut, 1. Stock, Wellner

Übung	Abgabe
Übung 0	freiwillig
Übung 1	25.10.
Übung 2	Ausnahme: 4.11. 12 Uhr
Übung 3	Wieder: 11.11. 12 Uhr
Übung 4	Wieder: 18.11. 15 Uhr, bitte ins FACH! BITTE DIE ÄNDERUNGEN BEACHTEN!
Übung 5	Diesmal: Fr. 22.11. 14 Uhr, IN MEIN FACH
Übung 6	Mo. 2.12. 15 Uhr
Übung 7	Fr. 20.12. 12 Uhr, der Übungszettel ist sehr klein.
Übung 8	Fr. 17.01. 14 Uhr
Übung 9	Mo. 20.01. 15 Uhr
Übung 10	Mo. 27.01. 15 Uhr

Praktikum

Alle Informationen finden sie unter AlDaBiWS13Praktikum

Ergebnisse

Reviews

Matrikelnummer	Punkte

Klausur

Matrikelnummer	Punkte	Note

Mailingliste

Bitte in die Mailingliste unter https://lists.fu-berlin.de/listinfo/AlDaBi-WS13/ einschreiben.

Allgemeine, relevante Bücher

• Neil C. Jones, Pavel A. Pevzner: An Introduction to Bioinformatics Algorithms. MIT Press, Cambridge, MA, 2004. ISBN 0-262-10106-8
• R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchison: Biological sequence analysis. Cambridge University Press, 1998. ISBN 0-521-62971-3
• David B. Mount: Bioinformatics. Sequence and Genome Analysis. Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York, 2001. ISBN 0-87969-608-7
• Chao, Zhang: Sequence comparison, Theory and Methods: Springer, ISBN: 978-1-85800-319-4