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Willkommen im Wiki der Vorlesung "Algorithmen und Datenstrukturen für Bioinformatik"

Nachrichten

• 16.4.2012 (Reinert): Die Ergbnisse der zweiten Klausur stehen weiter unten
• 20.3.2012 (Reinert): Die zweite Klausur findet am Donnerstag, dem 12. April 2012, von 14.15 bis 15.45, in SR 032 Arnimallee 6 statt. Bitte bringen Sie einen Taschenrechner mit.
• Die Klausurergebnisse sind online
• Hier können Sie das Ergebnis der Evaluation sehen: Evaluationsergebnis
• Termin Klausureinsicht: Montag, 5. März, Büro Reinert (T9 012), 11 Uhr.

Vorlesung

Daten

Die Vorlesung hat 12 credits, davon zählen 6 credits auf die Vorlesung mit Übung, und 6 credits auf ein Praktikum, welches mit dem C++ Kurs beginnt.

Die Vorlesung ist wöchentlich. Ebenso die theoretischen Übungen. Das Praktikum alterniert wöchentlich zwischen einer Besprechung und betreuten Programmierübungen.

Veranstaltung	Tag	Zeit	Gebäude	Raum
Vorlesung	Do	14-16	Takustr. 9	SR005
Übung I	Di	10-12	Arnimallee 7	SR140
Übung II	Di	14-16	Takustr. 9	K40
Übung III bis 7.12.	Mi	12-14	Arnimalle 6	SR031
Übung III ab 15.12.	Do	8-10	Takustr. 9	K40
Praktikum	Do (ungerade)	12-14	Takustr. 9	SR006
Tutorium I	Di (gerade)	12-14	Arnimallee 6	SR017
Tutorium II	Di (gerade)	14-16	Arnimallee 6	SR017

Inhalte

Block	Datum
Exaktes Matching: Online- und index-basierte Methoden	20.10.-27.10
Sequenz Alignment	03.11.-17.11.
Filtering und Alignment Heuristiken	24.11.-08.12
Review 1 (Übung)	Mi 07.12. A6, SR031
Multiples Alignment	15.12.
Formale Sprachen	05.01.-12.01.
Hidden Markov Modelle	19.01.-26.01
Review 2 (Vorlesung)	02.02.2012
Wiederholung	09.02.2012
Examination	16.2.2012

Voraussetzungen für die aktive Teilnahme

Sie müssen die folgenden Anforderungen erfüllen:

• Sie müssen insgesamt 75% der Übungsarbeiten erkennbar bearbeitet haben (d.h. man muss erkennen, dass Sie einige Zeit an einer Lösung gearbeitet haben).
• Sie brauchen mindesten 50% der Review Punkte.
• Sie müssen insgesamt 75% der Praktikumsaufgaben erfolgreich gelöst haben und ihre Lösung erklären können.

Übungen

Die Übungen sind in den Unterseiten für die Vorlesungsblöcke zu finden, ebenso spezifische Literaturhinweise. Die Übungen werden drei Kategorien Aufgaben enthalten:

• Niveau I : Wenn sie beständig diese Aufgaben nicht lösen können, sollten Sie sich Sorgen machen.
• Niveau II : Wenn sie diese zu großen Teilen lösen, so sind sie auf einem guten Weg ins MSc Studium
• Praktische Aufgaben: Diese sind mit den Inhalten des Praktikums abgestimmt.

Abgabe: Immer montags, spätestens 15:00 Uhr im Postfach "Tutoren" im Sekretariat Raum 013, Takustr. 9.

Praktikum

Daten

Das Praktikum besteht aus:

• Praktikumsvorlesung
  • Alle 2 Wochen, donnerstags 12-14 c.t. Erster Termin am 20.10.
• Praktikumsaufgaben
  • Stehen auf jedem zweiten Übungszettel
  • Knapp 2 Wochen zur Bearbeitung
  • Abgabe: per SVN, montags, 15 Uhr in den Wochen der P-VL
  • 75% der Praktikumsaufgaben lösen
  • Code-Reviews in den Wochen von Review und Examination
• Tutorien
  • Fakultativ, bei Fragen oder Problemen
  • Dienstags, 12-14 und 14-16 in den Wochen zwischen den P-VLs.
  • Tragen Sie sich hier bei Bedarf für ein Tutorium ein

Sie müssen sich als Gruppe von 1 bis 3 Teilnehmern zusammenfinden. Jeder Teilnehmer muss in der Lage sein, die Lösung zu erklären und Fragen zum Quelltext zu beantworten. Bei berechtigtem Zweifel daran, dass ein Kandidat die von ihm vorgeführte Aufgabenlösung auch verstanden hat, kann der Punkt für die Aufgabe verweigert werden. Tragen Sie sich bis zum Praktikumsbeginn auf dieser Seite in eine Gruppe ein. Erst danach erhalten Sie Schreibzugriff auf das SVN.

Hinweise zur Abgabe

• Jede Gruppe erhält ein SVN-Verzeichnis unter https://svn.mi.fu-berlin.de/agbio/aldabi/ws11/gruppeX
• Die Lösung jeder Aufgabe muss als Datei mit dem Titel aufgabeY.cpp (Kleinschreibung beachten, keine Unterordner!) bis zum Abgabetermin eingecheckt werden
• Ihr Programm muss u.a. auf einem Linux-Poolrechner (https://wiki.mi.fu-berlin.de/w/IT/ServicesStudentPools) kompilieren mit g++ -pedantic -Wall -ansi -fopenmp -O3 -o aufgabeY aufgabeY.cpp
• Beachten Sie genau die Hinweise zum jeweiligen Ein- und Ausgabeformat auf den Aufgabenblättern
• Zusätzliches Material zu den Aufgaben

Inhalte

Block	Datum
Einführung, Subversion, Standard Template Library	20.10.
Debugger, Profiler, Zeitmessung	03.11.
Speicherhierarchie, Speicheroptimierung	17.11.
Parallelprogrammierung, OpenMP	01.12.
Code Review 1	13.12.
Parallelprogrammierung (II), q-gram Hashing und Index	15.12.
OOP	12.01.
Templates	26.01.
Code Review 2	10.02.
Software Libraries	09.02.

Ergebnisse

Praktikum

• Der aktuelle Punktestand jeder Gruppe: Punktestand.pdf

Reviews

Mtr.nr.	Review 1 (80)	Review 2 (80)	Summe
2601739	36	59	95
4308973	35	54	89
4360068	41	55	96
4377616	63,5	61	124,5
4398427	49	39	88
4401135	48	53	101
4422710	49	57	106
4425606	72	72	144
4448054	48	75	123
4448306	32	59	91
4448435	68	73	141
4449063	53	63	116
4449223	49	62	111
4450178	70	74	144
4450560	47	54	101
4450719	58	67	125
4452669	47	63	110
4453144	57	77	134
4453224	38	56	94
4453445	42	66	108
4453598	53	66	119
4454398	39	62	101
4455186	45,5	63	108,5
4455280	60	69	129
4455402	40,5	20	60,5
4456435	53	61	114
4458232	35	60	95
4458963	32	55	87
4460196	35	28	63
4463057	52	69	121
4464484	47	53	100
4464969	40	63	103
4465235	45	61	106
4466742	43,5	66	109,5
4466846	66	56	122
4467173	34	44	78
4468784	66	55	121
4469399	40	60	100
4469744	67	58	125
4473468	64,5	59	123,5
4474140	58	56	114
4474686	52	69	121
4476041	61	60	121
4477511	45	48	93
4478949	55	48	103
4478998	42,5	63	115,5

Fall Ihr Ergebnis nicht in der Liste auftaucht, Sie nicht mitgeschrieben haben und/oder Ihnen Punkte fehlen, melden Sie sich bitte bei einem der Tutoren.

Klausur

Die Klausur wurde ausgewertet. Unten die vorläufigen Ergebnisse.

xxx3149	58	2.7
xxx1739	42.5	4.0
xxx9063	42	4.0
xxx1135	58.5	2.7
xxx0196	29	5.0
xxx5235	58.5	2.7
xxx6742	53	3.0
xxx3598	67.5	2.0
xxx3144	62.5	2.3
xxx7511	25.5	5.0
xxx8232	64	2.3
xxx4398	44.5	3.7
xxx4484	40	4.0
xxx8784	54.5	3.0
xxx9744	66.5	2.0
xxx0719	66.5	2.0
xxx4969	58	2.7
xxx0068	46.5	3.7
xxx3057	64.5	2.3
xxx2710	50	3.3
xxx8427	41.5	4.0
xxx3224	46	3.7
xxx6041	51	3.3
xxx5606	71.5	1.7
xxx6846	74.5	1.3
xxx2669	26	5.0
xxx8306	59.5	2.7
xxx6435	45	3.7
xxx5402	42	4.0
xxx5280	72	1.7
xxx4140	56	3.0
xxx8435	68	2.0
xxx8973	59	2.7
xxx8949	46	3.7
xxx3445	55.5	3.0
xxx3468	46.5	3.7
xxx4686	59	2.7
xxx9223	41	4.0
xxx5186	66	2.0
xxx5174	74.5	1.3
xxx8963	36	5.0
xxx0560	54.5	3.0
xxx7173	38.5	5.0
xxx9399	47.5	3.7
xxx9384	52	3.3
xxx2052	62.5	2.3
xxx4895	17	5.0
xxx2952	62.5	2.3

2. Klausur

xxx0196	15.5	5.0
xxx7511	17	5.0
xxx0178	83	1.0
xxx8054	62	2.3
xxx7260	82	1.0
xxx8963	54	3.0
xxx7173	34	5.0
xxx7616	71	1.7

Mailingliste

Bitte in die Mailingliste unter https://lists.fu-berlin.de/listinfo/AlDaBi-WS11/ einschreiben.

Allgemeine, relevante Bücher

• Neil C. Jones, Pavel A. Pevzner: An Introduction to Bioinformatics Algorithms. MIT Press, Cambridge, MA, 2004. ISBN 0-262-10106-8
• R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchison: Biological sequence analysis. Cambridge University Press, 1998. ISBN 0-521-62971-3
• David B. Mount: Bioinformatics. Sequence and Genome Analysis. Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York, 2001. ISBN 0-87969-608-7
• Chao, Zhang: Sequence comparison, Theory and Methods: Springer, ISBN: 978-1-85800-319-4