Willkommen zum Wiki des Praxisseminars:
Rechnergestützte Systembiologie WS 2014/15

Aktuelles

Die Noten sind fertig.

Terminverschiebung: das Praxisseminar findet nun donnerstags 12:30-16:00 statt.
Am 20.11. treffen wir uns um 12:30 in SR 108/09 in der A6.

1. Termin am Donnerstag 16.10.2014, 10:15, in A 6, SR 017

Allgemeine Informationen

SWS: 4, ECTS: 5
Dozente/in: Heike Siebert
Tutorin: Kirsten Thobe
Sprache: Deutsch

Termine

Praxisseminar

Do 12-16h

Arnimallee 6 SR 017 (Bioinformatik-Pool) bzw SR 108/109 (nach Absprache)

Inhalt

Im Praxisseminar geht es um die Modellierung molekularer Netzwerke mittels diskreter/logischer Methoden.
Im Laufe das Semesters werden theoretische Grundlagen erarbeitet, Tools vorgestellt und in Gruppen eigenständig Modelle
ausgesuchter Systeme auf Basis von Fachartikeln konstruiert und analysiert.

Zeitplan

Datum	Thema	Zum Termin vorzubereiten
16.10.	Vorbesprechung
23.10.	Systembiologie und Modellierungsformalismen	Karlebach Artikel
30.10.	Strukturanalyse
06.11.	Strukturanalyse II, Einstieg logische Netzwerke	Software
13.11.	Logische Modellierung
20.11.	Logische Modellierung, GINsim
27.11.	Schrittweise systembiologische Netzwerkanalyse	Modellierungsartikel
04.12.	Datenbanken	erste Recherchen zum Modellierungsprojekt
11.12.	BoolNet
18.12.	Zwischenbericht Modellierungsprojekt
08.01.	Zwischenbericht Modellierungprojekt
15.01.	Cell Collective
23.01.	Modellierungsprojekt
30.01.	Zwischenbericht Modellierungsprojekt
05.02.	Vortragsvorbereitung, Modellierungsprojekt
12.02.	Abschlussvorträge

Material

• Modeling survey: Karlebach and Shamir, 2008
• slides zu SBML
• BioModels Datenbank intro und paper
• Notizen für Formalismen
• Structural analysis: Albert, 2005, slides
• Cytoscape, Gephi, SNAP
• Einstieg Cytoscape (Linux)
• Slides logical modeling: part 1, part 2, part 3
• Boolean modeling tutorial Saadatpour and Albert, 2012
• Sea urchin development Smith et al., 2007
• GINsim
• ConsensusPathDB
• VISANT

Weitere Software

Cell Collective
Website with tutorials and models (account required to access models)
Papers:The Cell Collective, Bio-Logic Builder

BoolNet
Website
Papers: background