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Analysis of Non Tryptic peptides

(Email Hartmut Schlüter)

Im Plasma kommen viele Peptide vor, die "nicht-tryptisch" sind, d.h. diese Peptide wurden von anderen Proteasen aus abundanten Plasmaproteinen herausgeschnitten und lassen sich deshalb nicht einfach über Mascot etc. identifizieren. Diese Peptide müssen über de-novo Seuenzierungen identifiziert werden, was bis heute ja noch nicht ganz trivial ist. Um dem Dilema zu entgehen haben wir nun von gereinigten Urin-Peptiden (bzw. Modellpeptiden), in den diese Peptide vorkommen, zuerst Full-Scan Spektren zur Bestimmung von m/z-Werten der Peptide durchgeführt und dann die Peptide mit Trypsin verdaut. Durch letzteren Schritt entstehen tryptische Peptide, die sich nun ganz einfach wieder nach LC-MS-Analysen über Mascot identifizieren lassen (siehe PPT Datei; falls Sie Fragen zu den Daten haben rufen Sie mich an).

Ergebnis Gespräch mit Hartmut Schlüter (22.10.2010)

  • die Proteindatenbank ergibt sich aus den Identifizierten Proteinen (wahrscheinlich incl. non-unique Proteinidentifications)
  • erster Schritt wäre ein perfekt aufgereinigtes nicht-tryptisches Peptid incl. einer? Identifikationen, wollen wir das ??
  • komplexere Mischungen enthalten mehrere nicht-tryptische Massen und entsprechend mehrere Identifikationen, wir sollten vll. gleich hier beginnen
  • wir kriegen möglicherweise eine reduzierte Datenbank mit Serum/Urin Proteinen .. könnten wir präprozessieren

Algorithmic approach

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Data

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