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LaganHome
Projektplanung und Umsetzung zur Implementierung von LAGAN
Projektplan und Aufteilung
| 1. Start: Einlesen von FastA-Dateien (Moritz) |
| 2. Diese soll stellar und das global banded alignment verwenden (Moritz) |
| 3. Aus Stellar erhalten wir Seeds als Textdatei (Moritz) |
| 4. Diese Datei einlesen (Dennis) |
| 5. In Fenster springen wo keine Seeds sind und mittels q-Gramm neue seeds berechnen und mit Chaos chainen (also verlängern)(Dennis) |
| 6. Global Chaining um in den kleinen Fenstern die optimalen Seeds zu erhalten(Dennis) |
| 7. Rekursiv weitermachen bis die Räume wo keine Seeds sind klein genug sind um zu alignieren (Dennis) |
| 8.Global Chaining auf dass gesamte Fenster (Dennis) |
| 9. banded chain alignment |
| 10. Ergebnis ausgeben |
Meilensteine
| Tag | Moritz | Dennis |
|---|---|---|
| 26.04 | Einlesen der Stellar-Ausgabe und FASTA Sequenzen | beispielhafte App zur Berechnung von Seeds |
| 03.05 | Einbindung des CHAOS-Chaining/q-Gram Index | Einbindung des Chaining Algorithm"; Aufruf zum Banded Chain Alignment" |
| 10.05 | Parameterübergabe | Ausgabe des Alignments |
| 17.05 | Laufzeitanalyse | Dokumentation |
| 24.05 | Testing&Bugfixes, Abgabe des Abschlussberichts | Testing&Bugfixes, Abgabe des Abschlussberichts |
Tagesprotokoll
| Tag | Moritz | Dennis |
|---|---|---|
| 25.04. | Nachbearbeitung der Präsentation. Umsetzung von Kritikpunkten. | Nachbearbeitung der Präsentation. Umsetzung von Kritikpunkten |
| 26.04. | Meeting zur Vorbereitung der Besprechung, zusammentragen von Ideen, Ergebnissen, Vorschlägen und Fragen. | Meeting zur Vorbereitung der Besprechung, zusammentragen von Ideen, Ergebnissen, Vorschlägen und Fragen. |
| 27.04. | Gestaltung Projektplan, Zusammenbringen von Fragen, Ergebnisse | Gestaltung Projektplan, Zusammenbringen von Fragen, Ergebnisse |
| 29.04. | Besprechung/Klären von Details, qGram Index | Besprechung/Klären von Details, Arbeiten an der Funktion zum globalChaining |
| 30.04. | Beendigung des Algo zum Finden von common qGrams | Weiterarbeiten am globalChaining |
| 01.05. | Feiertag! yay! | Feiertag! yay! |
| 02.05. | Einsortieren der Ausgabe vom globalChaining (für die Fenster) in die globalSeedChain | Beending der Funktion zum globalChaining der Fenster |
| 03.05. | Lauffähiges Programm erstellt. Globales Alignment über Konsole. Überlegungen zum Erstellen von Testdaten. SVN commit | Erarbeiten einer Funktion zum Output des Alignments in eine Datei |
| 06.05. | Einbinden von Stellar und ArgParse (noch nicht fertig) | Ausgabe fertig |
| 07.05. | Manuelles Testen mit Bakterien-DNA, Beheben von Bugs | wie Moritz |
| 08.05. | wie gestern | wie gestern |
| 09.05. | Programm läuft mit Stellar und ArgParse; lange Laufzeiten bei Bakterien-DNA; weiteres Testen | Testen, Testen, Testen |
| 10.05. | Refactoring | Kompilieren auf Windows: Errors; erfolglose Problemsuche... |
| 13.05. | Besprechung | Besprechung |
| 14.05. | Einfügen von clock() und thread Option | Parallelisierung der Gaps |
| 15.05. | Schreiben von Tests | Schreiben von Tests |
| 16.05. | Tests schreiben und Kompilierung in Release-Mode | wie gestern |
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Topic revision: r11 - 16 May 2013, kiekemo
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