AlDaBi (WiSe 2014)

Willkommen im Wiki der Vorlesung Algorithmen und Datenstrukturen für Bioinformatik (LV-Nr. siehe Orte und Zeiten)

Die Vorlesung hat 12 credits, davon zählen 6 credits auf die Vorlesung mit Übung, und 6 credits auf ein Praktikum.

Nachrichten

• Nachklausur: Donnerstag, 16.04.2015, 16-18h, Takustr. 9 / großer Hörsaal
• Die Ergebnisse der Klausur sind online (s.u.)
• Die Klausur findet im SR 005 statt (anstelle der Vorlesung)

Orte und Zeiten

Veranstaltung	Tag	Zeit	Gebäude	Raum	Dozent	LV-Nummer
Vorlesung	Do	14-16	Takustr. 9	SR 005	Reinert	19400001
Übung I	Di	8-10	Takustraße 9	SR 053	Thiel	19400002
Übung II	Di	12-14	Takustraße 9	SR 006	Gallo	19400002
Praktikum I	Di	12-14	Arnimallee 6	RR 017	Schulze	19400130
Praktikum II	Di	14-16	Arnimallee 6	RR 017	Schulze	19400130
Praktikum III	Do	8-10	Takustr. 9	SR 005	Rahn	19400130

Einteilungslisten für die Übungen Dienstags 8-10/12-14 Uhr: Liste8-10.pdf, Liste12-14.pdf

Informationen zur LV

Die Vorlesung ist wöchentlich. Ebenso die theoretischen Übungen. Das Praktikum alterniert wöchentlich zwischen einer Besprechung und betreuten Programmierübungen.

Inhalt

Block	Datum
Exaktes Matching: Online- und index-basierte Methoden	16.10.-23.10
Sequenz Alignment	30.10.-14.11.
Filtering und Alignment Heuristiken	21.11.-04.12
Review 1 (Übung)	Di 02.12. 12-14
Multiples Alignment	11.12-18.12.
Formale Sprachen	08.01.-15.01.
Hidden Markov Modelle	22.01.-29.01
Review 2 (Vorlesung)	05.02.2014
Klausur	12.2.2014

Voraussetzungen für die aktive Teilnahme

Sie müssen die folgenden Anforderungen erfüllen:

• Sie müssen insgesamt 75% der Übungsarbeiten erkennbar bearbeitet haben (d.h. man muss erkennen, dass Sie einige Zeit an einer Lösung gearbeitet haben).
• Sie brauchen mindesten 50% der Review Punkte.
• Sie müssen insgesamt 75% der Praktikumsaufgaben erfolgreich gelöst haben und ihre Lösung erklären können.

Übungen

Die Übungen sind in den Unterseiten für die Vorlesungsblöcke zu finden, ebenso spezifische Literaturhinweise. Die Übungen werden drei Kategorien Aufgaben enthalten:

• Niveau I : Wenn sie beständig diese Aufgaben nicht lösen können, sollten Sie sich Sorgen machen.
• Niveau II : Wenn sie diese zu großen Teilen lösen, so sind sie auf einem guten Weg ins MSc Studium
• Praktische Aufgaben: Diese sind mit den Inhalten des Praktikums abgestimmt.

Abgabe:

Übung	Abgabe

Praktikum

Alle Informationen finden sie unter (AlDaBiWS14Praktikum)

Ergebnisse

1. Review

Matrikelnummer	Punkte

****012	70
****021	57
****038	63.5
****046	62.5
****060	69
****061	65.5
****129	66
****168	57.5
****173	70.5
****213	69
****220	41
****260	57.5
****267	49
****280	39
****288	53.5
****382	66
****385	49
****398	50
****423	64
****424	54
****433	71.5
****478	73.5
****532	70
****555	45
****559	58
****579	64
****684	47.5
****686	66
****737	48
****751	52
****770	83.5
****779	51.5
****811	69.5
****836	67
****844	67.5
****850	59.5
****853	52
****870	47.5
****881	68
****891	40
****895	41.5

2. Review

Matrikelnummer	Punkte

****012	75.5
****213	72.5
****220	66.5
****260	56.5
****532	57
****555	54.5
****686	82.5
****737	61
****770	87
****850	81.5
****853	74
****881	63.5
****891	75.5

Klausur

Matrikelnummer	Punkte	Note
xxx9779	65,5	2,3
xxx8012	84	1,3
xxx3853	61	2,7
xxx1220	60,5	2,7
xxx196	33	5,0
xxx8737	53,5	3,3
xxx2168	62,5	2,7
xxx6812	59	3,0
xxx4038	71	2,0
xxx3280	53	3,3
xxx2478	77	1,7
xxx8424	69	2,3
xxx5385	30,5	5,0
xxx6756	66	2,3
xxx9060	40	4,0
xxx9267	30	5,0
xxx9850	76,5	1,7
xxx2836	61	2,7
xxx5532	62	2,7
xxx6382	60	3,0
xxx9213	62	2,7
xxx3423	56	3,0
xxx2021	76	1,7
xxx4895	24	5,0
xxx2260	66	2,3
xxx6559	55	3,3
xxx3686	77	1,7
xxx6870	50,5	3,3
xxx8288	59,5	3,0
xxx3398	56	3,0
xxx3433	49	3,7
xxx4579	86,5	1,0
xxx6770	84	1,3
xxx9555	41	4,0
xxx8061	57	3,0
xxx2891	53	3,3
xxx881	78	1,7
xxx9046	57	3,0
xxx2684	19	5,0
xxx4414	55	3,3
xxx8751	50,5	3,3
xxx9877	45	4,0
xxx4844	52,5	3,3

2. Klausur

xxx5385	54	3,0
xxx4761	18	5,0
xxx2684	35	5,0

Mailingliste

Bitte in die Mailingliste unter (https://lists.fu-berlin.de/listinfo/AlDaBiWS14) einschreiben.

Allgemeine, relevante Bücher

• Neil C. Jones, Pavel A. Pevzner: An Introduction to Bioinformatics Algorithms. MIT Press, Cambridge, MA, 2004. ISBN 0-262-10106-8
• R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchison: Biological sequence analysis. Cambridge University Press, 1998. ISBN 0-521-62971-3
• David B. Mount: Bioinformatics. Sequence and Genome Analysis. Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York, 2001. ISBN 0-87969-608-7
• Chao, Zhang: Sequence comparison, Theory and Methods: Springer, ISBN: 978-1-85800-319-4