Generell gilt, dass man sich rechtzeitig zum Ende seines Studiums (Bachelor oder Master) um seine Abschlussarbeit kümmern sollte. Im Idealfall heißt das: ein Semester bevor man die Abschlussarbeit schreiben möchte!

Dies hat zwei Vorteile:

1. Der/die Dozent/in weiß schon vorab von euch, dass ihr ein Semester später bei ihm/ihr schreiben wollt (hier gilt das Prinzip „First come, first serve“). Wer also im gleichen Semester in dem die Arbeit geschrieben werden soll erst eine/n Dozenten/Dozentin anschreibt kann das Pech haben, dass diese/r bereits mehrere Abschlussarbeiten betreut und euch deshalb nicht mehr aufnehmen kann.
2. Ihr kennt euer Thema eventuell schon ein Semester vor Beginn der Abschlussarbeit und könnt schon einmal Literatur, etc. zusammensammeln.

Es gibt verschiedene Möglichkeiten zu einem geeigneten Thema seiner Abschlussarbeit zu kommen:

1. Man wählt ein bereits ausgeschriebenes Thema einer AG aus und kontaktiert den/die dort angegebene/n Dozenten/Dozentin. Es gilt immer, dass die dort beschriebenen Themen nur grobe Vorschläge sind; sie sind bei Bedarf an eigene Wünsche, Interessen und Vorwissen anpassbar.
2. Man spricht eine/n Mitarbeiter/in einer thematisch passenden AG mit einer eigenen Idee an. Oft entsteht diese aus der eigenen Arbeit bei z.B. einer Firma.
3. Ein weiterer möglicher Ausgangspunkt sind Lehrveranstaltungen, z.B. das Softwarepraktikum (Projektmanagment im Softwarebereich).

Eigene Ideen und Initiativen sind jedenfalls sehr willkommen! Das "Ausbrüten" eines Themas zusammen mit dem/der geplanten Betreuer/in darf durchaus ein paar Wochen dauern, während derer man sich intensiv mit der Thematik auseinandersetzt. Während dieser Phase sollten folgende Fragen geklärt werden:

• Kann ich das? (Oder ist die Fragestellung zu schwer/umfangreich für die begrenzte Bearbeitungszeit)
• Will ich das? (Eine Arbeit, die mich nicht motiviert, wird zu einer Quälerei für alle Beteiligten und endet meist auch unbefriedigend)
• Stimmt die Chemie mit dem/der Betreuer/in?

Auch das Einlesen in die verfügbare wissenschaftliche Literatur gehört in diese Phase. Oft muss man diese Literatur erst finden. Der/Die Betreuer/in erläutert, wie man das macht.

Hier kommt es auf euern Betreuer/eure Betreuerin an. Bevor ihr euch also dazu entscheidet eure Abschlussarbeit in einem Betrieb oder einer Firma zu schreiben, solltet ihr euch zunächst über das Thema eurer Abschlussarbeit Gedanken machen und dann schauen, zu welchem/r Dozenten/Dozentin (oder AG) eine solche Abschlussarbeit thematisch passen bzw. ob diese/r die Abschlussarbeit betreuen würde.

Das von euch gewählte Thema muss dabei inhaltlich in den universitären Rahmen passen. D.h. die Aufgabenstellung muss dem Anspruch genügen, dass der/die Absolvent/in daran zeigen kann, was er/sie nicht nur auf technischem, sondern vor allem auch auf konzeptionellem Gebiet gelernt hat.

Solltet ihr ein geeignetes Thema und eine/n entsprechenden Dozenten/Dozentin gefunden haben, schreibt einen kurzen Text von ca. 1-2 Seiten über den Inhalt (Worum handelt es sich?) und die Tauglichkeit (Wie passt das Thema in den universitären Rahmen?) eures Themas und geht damit in die Sprechstunde des/der jeweiligen Dozenten/Dozentin.

Nach der RSPO haben die Prüfer vier Wochen Zeit für die Bewertung, das wird ihnen auch vom Prüfungsbüro mitgeteilt. Aber natürlich ist das sehr unterschiedlich, am besten ihr fragt eure Prüfer einfach!

Es kann auch mal ein bisschen länger dauern. Sechs Wochen nach Abgabe eurer Arbeit könnt ihr aber i.d.R. damit rechnen, dass die Bewertung vorliegt.

Ja. Dies kann persönlich passieren (Sprechstunde), oder als Voranfrage per E-Mail. Dabei ist es vorteilhaft, Dozenten/innen anzusprechen, die ihr bereits aus Veranstaltungen/Praktika, die euch gut gefallen haben, kennt. Dabei muss man meist keinen konkreten Themenvorschlag parat haben, sollte aber eine grobe Ahnung haben, in welche Richtung das Thema der
Bachelorarbeit gehen soll bzw. in welchem Bereich die eigenen Interessen liegen.
Gegebenenfalls können auch mehrere Dozenten/innen parallel angesprochen werden sofern ihr euch erst einmal einen Überblick an potentiellen Themen holen wollt. Generell gilt dabei jedoch:
Habt ihr ein passendes Thema bei einem Dozenten/einer Dozentin gefunden, sagt den anderen Dozenten/innen Bescheid!
Dies ist nicht nur ein Akt der Höflichkeit. Themen, die sonst an euch gegangen wären, können dadurch nämlich auch an andere Studierende, die ebenfalls eine Abschlussarbeit schreiben wollen, weitergegeben werden.

Bei der Anmeldung der Bachelorarbeit stimmt ihr normalerweise zu, dass die Freie Universität bestimmte Nutzungsrechte an eurer Arbeit erhält. In manchen Fällen ist das aber nicht erwünscht, z.B. wenn Ihr eure Abschlussarbeit bei einer Firma schreibt. In diesem Fall könnt ihr euch an die Prüfungsausschussvorsitzende wenden und begründen, warum ein Sperrvermerk notwendig ist. Wenn ihr die Zustimmung bekommt, könnt ihr den Passus auf dem Anmeldeformular durchstreichen.

Dies ist von Dozent/in zu Dozent/in unterschiedlich. Wer keine eigene Wunschvorstellung hat, kann zusammen mit dem/der Betreuer/in jemanden ausgucken. Ansonsten dürft ihr auch gerne einen eigenen Zweitgutachter/eine eigene Zweitgutachterin vorschlagen. Dazu einfach Zweitgutachter/in per E-Mail oder persönlich kurz mit einer knappen(!) Beschreibung des Themas ansprechen und um Zustimmung bitten. Bitte beachtet, dass auch der/die Zweitgutachter/in prüfungsberechtigt sein muss! Dozent*innen, die selbständig Lehre in einem Studiengang anbieten, sind i.d.R. in diesem Studiengang prüfungsberechtigt. Im Zweifelsfall bitte vorher bei der Prüfungsausschussvorsitzenden nachfragen.

Achtung: Ihr könnt zwar eine/n Zweitgutacher/in vorschlagen, aber diesem Vorschlag muss nicht gefolgt werden! Die Prüfer/innen-Kombi und das Thema werden von der/dem Prüfungsausschussvorsitzenden überprüft.

Nein. Obwohl eine solche Kombination aus pragmatischer Sicht natürlich nachvollziehbar ist, ist sie aber auch angreifbar mit Sicht auf mögliche Befangenheit. In Absprache mit dem GK Vorsitz wurde dies daher im Prüfungsausschuss diskutiert und
die Vermeidung solcher Prüferkombinationen bestätigt.

Zu beachten ist daher, dass die Prüfungsberechtigten, die die Bewertung eurer Bachelor- oder Masterarbeit vornehmen, nicht beide der gleichen Arbeitsgruppe angehören! Insbesondere sollte die Prüferkombination aus Gruppenleiter/in und einem Mitglied der Arbeitsgruppe vermieden werden.

Die Bachelorarbeit kann laut StO/PO 2012 angemeldet werden, wenn Module im Umfang von mindestens 120 LP absolviert wurden, einschließlich des Moduls „Algorithmische Bioinformatik“.

Studierende im Masterstudiengang müssen nachweisen, dass Module im Umfang von mindestens 60 LP gemäß §4 der Prüfungsordnung in Verbindung mit §4 der Studienordnung absolviert wurden (StO/PO 2012).

Die Aussagen beziehen sich dabei auf die aktuellen Studien- und Prüfungsordnungen und sollten dort nachgelesen werden! Für weitere Informationen und ältere Studien- und Prüfungsordnungen verweisen wir auf das Prüfungsbüro Mathematik und Informatik.

Nein. Generell gebt ihr bei Abgabe der Anmeldung erst einmal nur einen Arbeitstitel an. Dieser wird etwas weiter gefasst sein, als der eigentliche Inhalt eurer Abschlussarbeit sein soll (meist wird das von den Dozenten/innen bereits bei der Formulierung des Themas gemacht). Der Titel der Arbeit kann (und sollte auch oft) geändert werden, wenn der schlussendliche Inhalt der Arbeit zu einem anderen Titel besser passen würde. Der Arbeitstitel sollte lediglich noch erkennbar sein (meist durch das Wiederkehren von 1-2 Schlüsselwörtern).

Die Bearbeitungszeit für Studierende des Bachelorstudiengangs Bioinformatik beträgt laut StO/PO 2012 insgesamt 12 Wochen. Studierende des Masterstudiengangs Bioinformatik erhalten eine Bearbeitungszeit von insgesamt 23 Wochen (StO/PO 2012/2019).
Als Beginn der Bearbeitungszeit gilt dabei das Datum der Ausgabe des Themas durch den Prüfungsausschuss. Eine Verlängerung der Bearbeitungszeit kann nur durch einen hinreichenden Grund (bspw. Krankheit) und dann auch nur durch einen entsprechenden Nachweis (Attest) erwirkt werden. S. "Informationen & Anleitungen" des Prüfungsbüros.

Wie der Zeitraum während der Bearbeitungszeit gestaltet wird, ist jedem/jeder Studierenden selbst überlassen. Ihr könnt also neben der Bachelor-/Masterarbeit Module belegen. Allerdings solltet ihr darauf achten, dass auch Übungszettel und Lernen ihre Zeit brauchen. I.d.R. sollten also keine oder nur wenige Veranstaltungen nebenher besucht werden. Es wird daher empfohlen die Abschlussarbeit erst zu beginnen, wenn nur noch wenige Studien-/Prüfungsleitungen zu absolvieren sind.

Grundsätzlich ist für eine erste Übersicht der Thematik, sowie vorhandener Literatur, Paper, etc. „Google Scholar“ eine gute Anlaufstelle. Hat man dann entsprechendes Material gefunden, sollte der nächste Schritt die Suche über das Bibliotheksportal Primo sein (Tipp: Es lohnt sich hierbei auch mal bei Bibliotheken anderer Berliner Universitäten zu suchen, da diese eventuell fachspezifischere Literatur haben!).

Für die Suche nach Papern, Aufsätzen, etc. können folgende Seiten auch hilfreich sein:

PubMed

arXive

Web of Science
Für die Suche nach Papern, Aufsätzen, etc. kann es auch hilfreich sein, sich an seine/n Betreuer/in zu wenden. Zum einen kann er/sie euch ein paar Materialien als Einstiegspunkte zu eurem Thema nennen oder sogar aushändigen, zum anderen kann es manchmal trotz intensiver Suche sein, dass einige Paper, Artikel, etc. nicht ohne Weiteres für Studenten/Studentinnen zugänglich sind. Mit etwas Glück hat euer/eure Betreuer/in also das entsprechende Paper unter seinen/ihren Unterlagen oder er/sie kommt durch seinen/ihren Dozenten/innenstatus leichter an es heran.

Zusammenfassung:

• Ausgangsliteratur von BetreuerIn
• Eigenrecherche:
  • Referenzen aus Ausgangsliteratur
  • Reviews für Überblick, Spezialliteratur mit direktem Bezug (für Reviews gibt es eine Filteroption bei Pubmed)
• Paper die dabei helfen die Grundlagen vom Produzierten zu verstehen (statistische Methoden (z.B. Bonferroni-Korrektur), Algorithmen, Datensätze)

Nein und Ja. Die Arbeit, sowie für die Arbeit erstellte oder verwendete Programmcodes, müssen natürlich neu sein, aber es werden keine neuen Forschungsergebnisse erwartet. Ziel einer Bachelor- oder Masterarbeit ist es, ein Thema (im Master: eine fortgeschrittene Aufgabenstellung) aus dem Bereich der Bioinformatik mit wissenschaftlichen Methoden selbstständig zu bearbeiten und die gewonnenen Ergebnisse schriftlich und mündlich angemessen darzustellen und zu dokumentieren/zu bewerten (siehe auch StO/PO 2012 für den Bachelor-/ Masterstudiengang Bioinformatik).

Jede Abschlussarbeit beinhaltet das Schreiben einer Ausarbeitung. Der konkrete Aufbau kann je nach Thema sehr variieren, typisch sind aber folgende allgemeine Grundelemente:

• Einführung: Was ist das Problem? Warum ist es ein Problem? Wie bettet es sich in andere Arbeiten ein? Was ist nicht das Problem? Was wird nicht gelöst mit dieser Arbeit?
• Stand der Kunst, Vergleichbare Arbeiten (wissenschaftliche Literatur)
• Gewählter Lösungsansatz, Alternativen, Abwägungen
• Beschreibung besonderer Schwierigkeiten und wie sie gelöst, umgangen oder vermieden wurden (oder warum nicht)
• Dokumentation der Durchführung und der entstandenen Artefakte
• Evaluation (z.B. kleine Feldstudie)/Ergebnis (Was habe ich rausbekommen?)
• Ausblick
• Literaturliste

Sonstige Anforderungen an die Ausarbeitung sind:

• Sie sollte gut strukturiert sein. Alles sollte nur einmal auftauchen und leicht auffindbar sein (Verzeichnisse, Querverweise).
• Zwischen Titelblatt und Inhaltsverzeichnis sollte es eine Zusammenfassung geben (0,5 bis 1 Seite lang)
• Alle Behauptungen müssen belegt werden, sei es mit einer Literaturquelle, einem sorgfältigen Argument oder mit eigenen empirischen Daten.
• Bachelorarbeiten: Es sollte eine klare, einfache deutsche oder englische Sprache benutzt werden. "Denglisch" ist zu vermeiden. Masterarbeiten werden i.d.R. auf Englisch verfasst.
• Wichtige Begriffe definieren!
• Hilfreiche und treffgenaue Literaturhinweise einfügen. Dafür ist die Kenntnis der einschlägigen wissenschaftlichen Literatur nötig. (Bei Bachelorarbeiten ist der Anspruch aus Zeitgründen hier niedriger.)
• Ermüdende Informationsberge sollten in einen Anhang verbannt werden.

Abschlussarbeiten, die das Schreiben eines Programms beinhalten, sollten v.a. prozessorientiert geschrieben werden. Folgende Punkte sollten daher, neben den oben bereits genannten Punkten, besonders beachtet werden:

• Einführung: kurze Beschreibung, welche Methode/welcher Lösungsansatz gewählt wurde
• Beschreibung besonderer Schwierigkeiten und wie sie gelöst, umgangen oder vermieden wurden (oder warum nicht)
• Ergebnis (Was habe ich rausbekommen?)

Große Länge einer Abschlussarbeit ist kein Vorteil, kürzer ist meist sogar besser: Unnötiges weglassen, Nötiges knapp ausdrücken. In der Bachelorordnung von 2012 ist in §5(5) eine Länge von ca. 25 Seiten (7500 Wörter) vorgesehen, in der Masterordnung von 2012 in §5(4) eine Länge von bis zu 80 Seiten (ca. 24.000 Wörter).

Generell sollte die Bachelor-/Masterarbeit so geschrieben sein, dass sie von all denjenigen verstanden werden kann, die einen Bachelor- bzw. Masterabschluss in Bioinformatik erreicht haben. Kernbegriffe, die nicht jedem Bioinformatiker geläufig sind, sollten in der Abschlussarbeit definiert und/oder kurz zu erklärt werden, damit der/die Leser/in ohne Selbststudium dem weiteren Verlauf der Arbeit folgen kann.

Abschlussarbeiten werden meist in LaTeX verfasst. Das entsprechende Programm bekommt ihr umsonst zum Download im Internet. Für eine Einführung in die Benutzung von LaTeX gibt es mehrere Möglichkeiten.
So bietet die Zedat jedes Semester den Kurs „Publizieren und Programmieren mit LaTex“ im Rahmen der Informations- und Medienkompetenz an. Wer den Kurs belegt, kann sich diesen ebenfalls als ABV-Modul anrechnen lassen!

Vom Mentoringprogramm werden regelmäßig kurze Crashkurse angeboten.

Für alle Autodidakten empfehlen sich folgende Seiten mit verschiedensten Einführungen in LaTeX:

LaTeX-Kurzeinführung (pdf)

LaTeX-Einführung von Andrew Roberts

LaTeX-Einführung der TU Graz

Man kann für die Ausarbeitung zwar auch MS Word oder OpenOffice benutzen, aber mit LaTeX und BibTeX ist es wesentlich einfacher, ein professionelles Ergebnis zu erzielen.

Zitierregeln gibt es viele. Für gewöhnlich wird jedoch bei wissenschaftlichen Arbeiten der IEEE-Zitierstil verwendet. Alle Zitate müssen dabei durch eine genaue Quellenangabe ergänzt werden:

Im Text - Referenznummer: as shown by Brown [4], [5]; as mentioned earlier [2], [4]–[7], [9]; Smith [4] and Brown and Jones [5]; Wood et al. [7]

Neben dem richtigen Zitieren spielt auch das Literaturverzeichnis eine wichtige Rolle, da es zur Zuordnung der entsprechenden Quellen beiträgt. Das Literaturverzeichnis steht dabei am Ende der Arbeit. Die Sortierung des Literaturverzeichnisses findet meist alphabetisch nach Autoren statt.

Im Literaturverzeichnis:

• Bücher: [1] J. K. Author, “Title of chapter in the book,” in Title of His Published Book, xth ed. City of Publisher, Country if not USA: Abbrev. of Publisher, year, ch. x, sec. x, pp. xxx–xxx.
• Technische Berichte: [1] J. K. Author, “Title of report,” Abbrev. Name of Co., City of Co., Abbrev. State, Rep. xxx, year.
• Online Quellen: [1] J. K. Author. (year, month day). Title (edition) [Type of medium]. Available: http://www.(URL)

Für weitere Informationen bzgl. direktem und indirektem Zitieren siehe auch: ThesisGuidelines von Prof. Dr. Prechelt.

Generell könnt ihr euch bei allen inhaltlichen oder konzeptuellen Fragen an euren betreuenden Dozenten/eure betreuende Dozentin wenden. Dies schließt auch eventuelle Verständnisprobleme oder etwaiges Stagnieren der Arbeit mit ein. Bevor ihr euren Dozenten/eure Dozentin jedoch um Hilfe bittet, solltet ihr schauen, ob ihr das jeweilige Problem nicht selbst lösen könnt (betrifft v.a. Verständnisprobleme!). Manchmal hilft es schon sich die Problemstellung etwas später noch einmal anzuschauen.

Ja, sofern der/die betreuende Dozent/Dozentin dies auch anbietet. Im Zweifelsfall kann aber auch hier noch einmal nachgefragt werden, ob er/sie sich das ein oder andere Kapitel, bei dem ihr unsicher seid, schon einmal anschauen würde.

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Die Verteidigung ist Bestandteil der Abschlussarbeit, geht jedoch nicht in die Note mit ein! Struktur und Dauer sind in der Prüfungsordnung wie folgt geregelt:

• bei der Bachelorarbeit (Ordnung von 2012): "Die Ergebnisse der Bachelorarbeit werden im Rahmen einer mündlichen Präsentation vorgestellt und wissenschaftlich verteidigt. Die Präsentation besteht aus einem etwa 15-minütigen Vortrag mit anschließender etwa 15-minütiger Diskussion. Die mündliche Präsentation ist unbenotet [...]" (§5(9)).

• bei der Masterarbeit (Ordnung von 2019): Die Masterarbeit wird durch ein Kolloquium begleitet, das in der Regel während der Bearbeitungszeit in der zugeordneten Arbeitsgruppe stattfindet. Die Studierenden sollen einmal einen ca. 30-minütigen Vortrag über den Fortgang ihrer Masterarbeit halten.
  

Die Aussagen beziehen sich dabei auf die aktuellen Studien- und Prüfungsordnungen! Für weitere Informationen und ältere Studien- und Prüfungsordnungen verweisen wir auf das Prüfungsbüro Mathematik und Informatik.

Die Verteidigung eurer Arbeit muss nicht fachbereichsweit angekündigt werden. I.d.R. genügt es, wenn die Mitglieder der Arbeitsgruppe eingeladen werden.
Inhaltlich sollte der Vortrag zum einen eine Kurzdarstellung des Inhalts der Arbeit sein, zum anderen aber auch eine "Eigenwerbung":

• Was habe ich gemacht?
• Warum war das schwierig?
• Warum sind meine Ergebnisse als gut zu betrachten? (Aber auch: Wo hapert es noch und warum?)

Man sollte bei der Gestaltung nicht zu eng an der Ausarbeitung kleben: Es ist meist nicht möglich, alles dort Beschriebene in der kurzen Zeit des Vortrags angemessen zu erklären. Weniger ist deshalb oft mehr! Andererseits hat man im Vortrag viel leichter die Chance, Schwierigkeiten in der Problemstellung oder die Raffinesse einer Lösung gut "rüberzukriegen". Keinesfalls ganz fehlen dürfen aber jedenfalls folgende Elemente:

• Aufgabenstellung und deren Einordnung
• Arbeitsansätze und -methoden
• Ergebnisse
• Bewertung der Ergebnisse

Nein. Negative Resultate sind nicht nutzlos und bei der Bachelorarbeit wird nicht erwartet, dass die ausprobierte Methode funktioniert. Bei Negativresultaten sollte allerdings eine Interpretation stattfinden (Wieso hat meine Methode nicht
funktioniert? Was könnte man noch ausprobieren? Wie könnte man inhaltlich noch einmal nachsteuern?).

Ein informatisches Thema ist dann in Ordnung, wenn ein Zusammenhang zur Biologie/Biochemie/Biomedizin hergestellt werden kann. Hierfür gibt es mehrere Möglichkeiten. Eine Option wäre es beispielsweise, eine informatische Methode auf einen biologischen Datensatz anzuwenden. Hierbei sollte man dann verstärkt darauf achten, dass der Diskussionsteil auf den biologischen Zusammenhang eingeht und/oder begründen, wieso die Thematik bzw. die angewandte Methode für die Biologie/Biochemie/Biomedizin von Bedeutung ist.

Wie der Zeitplan genau gestaltet werden sollte, ist grundsätzlich individuell und sollte immer mit dem Betreuer/der Betreuerin abgesprochen werden. Es ist sinnvoll, vor der Anmeldung der Bachelorarbeit erstmal zwei Wochen am Thema zu arbeiten, um Sicherheit zu gewinnen, dass man mit dem Betreuer/der Betreuerin und dem Thema klarkommt.

Der Schreibprozess sollte nicht unterschätzt werden, daher bietet es sich an, nach ungefähr vier Wochen mit dem Schreiben zu beginnen. Dann kann die Arbeit sukzessive, auf der Erstversion aufbauend, verbessert und vervollständigt werden,
indem man inhaltliche Lücken auffüllt, weitere Plots erstellt etc. Ein beispielhafter Plan könnte wie folgt aussehen:
▪ 4 Wochen Einarbeitungszeit
▪ 4 Wochen Schreiben (z.B. eine Seite pro Tag schreiben/verbessern)
▪ 2 Wochen Korrekturzeit
▪ 2 Wochen Puffer