SeqAn
Titel: Algorithmen zur Analyse von von genomischen Sequenz-Daten (SeqAn)
Dozent(en): K. Reinert
Maximale Teilnehmerzahl: 6
Zeitraum und Ablauf:
Block 1: C++ Kurs (26.02. – 07.03). Nicht Reil des Praktikums, aber DRINGEND empfohlen
Block 2: SeqAn 3 Tutorial (04.3. – 08.3.)
- Software Installation
- Cmake und github
- SeqAn Tutorials
- Zuordnung der Teilprojekte
Block 3: Recherche und Präsentation des Projektplans (bis 15.3.)
- Vortrag vorbereiten
- Welche Datentypen/Schnittstellen von mir benötigen ggf. andere?
- Welche Datentypen/Schnittstellen benötige ich?
- Welche Algorithmen werden benötigt?
- Welche davon gibt es schon in SeqAn, welche muss ich implementieren?
Block 4: Implementierung, Erstellung eines Abschlussberichts (bis 23.04.)
- Vorstellung der Ergebnisse (23.04.)
Ort: Institut für Informatik
Kurze inhaltliche Beschreibung:
Implementierung von Algorithmen für die Sequenzanalyse genomischer (Massen)daten & Erstellen kleinerer Analysepipelines mit Hilfe einer bestehenden C++-Bibliothek. Dabei sollen neben dem Programmieren auch Elemente des Software-Engineering eingeübt werden (Erstellen eines Zeitplanes, Benutzung von Programmierwerkzeugen, Erstellen von Tests, Arbeiten im Team, etc.)
Quantitative Aufteilung:
Praktische Programmierarbeit: 60%
Soft Skills: 40%
Verwendete Programmiersprache(n): C++
Schwierigkeitsgrad (Acht Sterne verteilt auf drei Bereiche):
A Programmieren: *****
B Biologie/Chemie: *
C Projektmanagement: **
Unbedingt erforderliche Vorkenntnisse: C++
Kontaktadresse, Webseite:
