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OpenMS

Titel: Faster Bioinformatics with C++

DozentIn(en): Ch. Bielow

Maximale Teilnehmerzahl: 10

Zeitraum/Vorbesprechungstermin: tba

Vorstellung des Projekts: 19.01.2024 um 9:30 Uhr (Webexmeeting), zusammen mit "Workflows"
https://fu-berlin.webex.com/fu-berlin/j.php?MTID=m852e25f32e66d84f3068835679d1c388

Ort: Institut für Informatik

Kurze inhaltliche Beschreibung:

In diesem Praktikum werden wir am Beispiel unserer open-source Bibliothek OpenMS (www.openms.de) realitaetsnah ein C++ Programmierprojekt bearbeiten und dabei Algorithmen, Datenstrukturen und evtl. grafische Benutzerinterfaces reimplementieren oder neu entwicklen.

Dabei werden wir Tools zur Entwicklung, Debugging, Performance-Profiling, Source-Code Management im Team und Continuous-Integration kennen lernen.

OpenMS ist eine der meistverwendeten Softwarebibliotheken zur Analyse von Massenspektrometriedaten und besitzt eine sehr umfaengliche Sammlung an schnellen und effizienten Algorithmen. OpenMS wird staendig weiterentwicklet und auch kommerziell genutzt.

Quantitative Aufteilung (in %):

Praktische Programmierarbeit: 60%
Soft Skills: 40%

Verwendete Programmiersprache(n): C++

Schwierigkeitsgrad (Acht Sterne verteilt auf drei Bereiche):

A Programmieren: 4*
B Biologie/Chemie: 1*
C Projektmanagement: 3*

Erforderliche Vorkenntnisse: gute Kenntnisse in C++

Kontaktadresse, Webseite/Link:

https://www.bsc.fu-berlin.de/TeachingAndWorkshops/SoSe23/Software_Praktikum_OpenMS/index.html

Chris Bielow


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