OpenMS
Titel: Faster Bioinformatics with C++
DozentIn(en): Ch. Bielow
Maximale Teilnehmerzahl: 8
Zeitraum/Vorbesprechungstermin: tba
Vorstellung des Projekts: Donnerstag, 09.01.2025, um 10:00 Uhr (Webexmeeting), zusammen mit "Advanced bioinformatics pipelines"
Ort: Institut für Informatik
Kurze inhaltliche Beschreibung:
In diesem Praktikum werden wir am Beispiel unserer open-source Bibliothek OpenMS (www.openms.de) realitaetsnah ein C++ Programmierprojekt bearbeiten und dabei Algorithmen, Datenstrukturen und evtl. grafische Benutzerinterfaces reimplementieren oder neu entwicklen.
Dabei werden wir Tools zur Entwicklung, Debugging, Performance-Profiling, Source-Code Management im Team und Continuous-Integration kennen lernen.
OpenMS ist eine der meistverwendeten Softwarebibliotheken zur Analyse von Massenspektrometriedaten und besitzt eine sehr umfaengliche Sammlung an schnellen und effizienten Algorithmen. OpenMS wird staendig weiterentwicklet und auch kommerziell genutzt.
Quantitative Aufteilung (in %):
Praktische Programmierarbeit: 60%
Soft Skills: 40%
Verwendete Programmiersprache(n): C++
Schwierigkeitsgrad (Acht Sterne verteilt auf drei Bereiche):
A Programmieren: 4*
B Biologie/Chemie: 1*
C Projektmanagement: 3*
Erforderliche Vorkenntnisse: gute Kenntnisse in C++
Kontaktadresse, Webseite/Link:
https://www.bsc.fu-berlin.de/TeachingAndWorkshops/SoSe25/Software_Praktikum_OpenMS/index.html
