Das Institut für Bioinformatik wurde vom Fachbereichsrat Mathematik und Informatik im Jahr 2013 eingerichtet. Es handelt sich nicht um eine eigenständige Wirtschaftseinheit, sondern um einen Zusammenschluss von Personen, die am Fachbereich Mathematik und Informatik Forschung und Lehre im Bereich der Bioinformatik betreiben. Zweck und Aufgabe des Instituts liegen in der Stärkung der organisatorischen Einheit des Faches Bioinformatik, der Verbesserung der Rahmenbedingungen für Forschung und Lehre sowie der weiteren Profilierung des Fachs Bioinformatik sowohl an der Freien Universität Berlin wie auch im regionalen, nationalen und internationalen Kontext.

Das Zentrum vertritt alle Lehrenden der Bioinformatik, welche Mitglieder des FBs Mathematik und Informatik sind, bzw. Kooptierungen oder Lehraufträge am Fachbereich besitzen.

Zu den Aufgaben des Instituts gehört auch die Planung, Koordination und Sicherung eines angemessenen Lehrangebots des Fachbereichs Mathematik und Informatik im Bereich Bioinformatik. Dabei besteht eine enge Kooperation mit der Gemeinsamen Kommission Bioinformatik, die für die Belange der Bioinformatikstudiengänge zuständig ist.

Ferner wird die Zusammenarbeit mit Nachbardisziplinen an der Feien Universität und darüber hinaus gefördert.