WiSe 2011/2012
| 19182: V+Ü Discrete Mathematics for Bioinformatics (P1) (Vorlesung + Übung) | ||
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| Linear programming; Combinatorial optimization; Graph algorithms; Advanced data structures; Discrete modelling; RNA and protein structure analysis; Molecular evolution. | ||
| Instructor | Knut Reinert, Prof. Dr. Alexander Bockmayr | |
| Student Profile | MSc Bioinformatics students. In the old regulations the lecture counts for Studienbereich C and D. In the new regulations it is module P1. | |
| Time | Oct 18, 2010 | 10:00 AM Lectures: Tue 10-12 Takustr. 9 SR 006 Thu 10-12 Takustr. 9 SR 006 Exercises: Tue 8:30-10 Takustr. 9 SR 006 | |
| 19700: Algorithmen und Datenstrukturen für Bioinformatik (Vorlesung + Übung+Praktikum) | ||
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| ACHTUNG: Die Kommunikation für die Vorlesung wird in einem Wiki-Bereich stattfinden. In der Vorlesung werden folgende Inhalte behandelt: Exaktes und approximatives String Matching, Dynamische Programmierung und Scoring Schemata, Endliche Automaten und formale Sprachen, paarweises und multiples Alignment, Multiples String Matching, Grundlagen von Markovketten und Hidden Markov Models, ... | ||
| Instructor | Knut Reinert, Enrico Siragusa | |
| Student Profile | Pflichtveranstaltung für die Studenten im Bachelorstudiengang Bioinformatik, 3. Semester. | |
| Time | Oct 20, 2010 | 02:00 PM Vorlesung: Do 14-16 Takustr. 9 SR 005 Übungen: Di 10-12 Arnimallee 7 SR 140 Di 14-16 Takustr. 9 K40 Mi 10-12 Takustr. 9 SR 006 Praktikum: Do (ungerade) 12-14 Takustr. 9 SR 006 Tutorium: Di (gerade) 12-14 Arnimallee 6 SR 017 DI (gerade) 14-16 Arnimallee 6 SR 017 | |
| 19710: Algorithmische Bioinformatik (Vorlesung + Übung) | ||
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| Fortgeschrittene Algorithmen für paarweises und multiples Alignment Praktische Datenbanksuchalgorithmen und Filterverfahren Statistische Signifikanz von Sequenzähnlichkeit und Ergebnissen von Datenbanksuchen Statistische Signalanalyse mittels (hidden) Markov Models, Anwendungen in Mustersuche und Genvorhersage Algorithmen zur Rekonstruktion phylogenetischer Bäume ... | ||
| Instructor | Knut Reinert | |
| Time | Oct 17, 2011 | 12:00 PM Vorlesung: Mo 12-14 Takustr. 9 SR 005 Mi 10-12 Takustr. 9 SR 005 Übungen: Di 10-12 Arnimallee 6 025/026 Di 12-14 Takustr. 9 SR 053 Di 16-18 Takustr. 9 SR 049 | |
| 19576b: Journal Club Computational Biology (Seminar) | ||
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| In this seminar we will present original work in Computational biology as well as progress reports from PhD students. Master students can participate by giving a talk about their thesis or Forschungspraktikum or (voluntartily) by presenting a paper. | ||
| Instructor | Knut Reinert | |
| Student Profile | Master and PhD students in Bioinformatics, Computer Science and Mathematics | |
| Time | Oct 17, 2011 Monday 14:00 - 16:00 | |
| 19576c: Computational Methods for High-Throughput Omics Data (Seminar) | ||
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| In this seminar, we will focus on two different kinds of high-throughput technologies: second-generation DNA sequencing liquid chromatography / mass spectrometry. In the first part, we will address current computational methods for processing and analysing DNA sequencing data. In particular, we will focus on methods for the detection of genomic variation, i.e. differences between ... | ||
| Instructor | Knut Reinert, Chris Bielow, Anne-Katrin Emde | |
| Time | Oct 18, 2011 | 02:00 PM Dienstag 14 - 16 Uhr Vorbesprechung am 18.10. ! | |
| 19615: Programmierkurs C/C++ (Blockkurs) | ||
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| (Blockkurs) Die Veranstaltung gibt eine Einführung in die Programmiersprache C/C++ für Studierende, die bereits über Grundkenntnisse einer imperativen Programmiersprache (wie z.B. Java) verfügen. Die Lehrinhalte werden durch Rechnerübungen vertieft. | ||
| Student Profile | Studierende der Informatik oder Bioinformatik. | |
| Time | Oct 10, 2011 - Oct 14, 2011 Seminar: Mo-Fr 10-12 Arnimallee 3 HS 001 Übungen Mo-Fr 13-15 Takustrasse 9 K46, K48 Mo-Fr 15-17 Takustrasse 9 K46, K48 | |